通商禁止法にはいくつかのマイナスの影響がありました。これによりアメリカの農産物の価格が暴落し、農業地帯である南部と西部に広範な経済的困難が生じた。また、生計をアメリカ製品に頼っていたネイティブアメリカンとの貿易も混乱させた。この行為はまた、多くの連邦党員の商人や船主らを激怒させ、彼らはこれを生活への攻撃とみなした。
通商禁止法は最終的に 1809 年に廃止されましたが、損害は生じていました。この法律はアメリカ経済に深刻なダメージを与え、共和党主導の連邦政府から連邦主義者をさらに遠ざけることになった。この法律はまた、米国と英国の間の緊張の高まりにも寄与し、最終的には 1812 年戦争につながりました。