ガンディー暗殺後の非難とパテルの辞任騒動
マハトマ・ガンディー暗殺事件の際、報道機関は「内務省がガンディーを守ることができなかった」として、内務大臣サルダール・パテルを厳しく批判しました。この非難に深く心を痛めたパテルは、政府の職を辞任する決断を下します。しかし、これに対してネルーはパテルの辞任を受け入れませんでした。ネルーは「私たちは30年間、共通の大義のために国民会議で共に戦ってきた仲だ。ガンディーの死後に二人が争うことは決して良いことではない」と述べ、辞任を思いとどまらせたのです。
こうしてパテルの辞任は回避されましたが、その後もネルーとパテルの間には政治問題をめぐる溝が残りました。特に、1948年にカシミール問題を国連へ持ち込んだこと、1950年に中国に対抗するチベットへの支援を行わなかったこと、そしてゴアからポルトガル勢力を追放するための軍事行動を見送ったこと——ネルーの採ったこの三つの政策をめぐって、両者の対立は先鋭化し、パテルは死去するまでその姿勢を貫きました。さらにカシミール問題においてネルーがパテルや内務省の官僚たちを排除しようとした際には、パテルは強硬に反発しています。
初代大統領人事をめぐる衝突
1950年、ネルーはラージェンドラ・プラサド博士に対し、大統領候補から撤退してラージャゴーパーラーチャーリーを支持するよう圧力をかけました。このネルーの行動は、会議派（インド国民会議）の指導者たちの深い怒りを買いました。党員たちは「ネルーは自分の意志を党に押しつけようとしている」と感じたのです。ネルーはパテルに対しても、ラージャゴーパーラーチャーリーを大統領に据えるための協力を求めました。しかしパテルは、党の意思に反する行動には一切加担しないと明確に拒否しました。その結果、ラージェンドラ・プラサド博士がインド初代大統領に就任することとなったのです。
会議派総裁選——タンドン支持の表明
同じ1950年、ネルーはインド国民会議の総裁職をめぐって、プルショッタム・ダス・タンドンの立候補に反対しました。タンドンには「ヒンドゥー指導者」というイメージが強かったためです。ネルーは代わりにジーヴァラーム・クリパラーニを総裁に擁立するよう訴え、それが実現しなければ自身が辞任するとまで主張しました。
これに対しパテルはネルーのやり方に断固として反対し、グジャラート州におけるタンドン支持を公言しました。皮肉にもクリパラーニはグジャラートゆかりの人物でしたが、同州からは一票も獲得できませんでした。パテルは「ネルーの個人的な願いが、会議派にとっての法律になるわけではない」という信念を終始崩しませんでした。そしてタンドンが当選したことで、ネルーは党からの信頼を完全に失ったことを悟ります。そこでネルーは自らの職を辞任しますが、今度はパテルがその辞任を受け入れず、彼を引き留めたのです。