メディアはパテル氏を内務省がガンジー氏を守ることができなかったと非難した。これを悲しんだパテルは政府を辞任した。これに対し、ネルー氏は、ネルー氏とパテル氏は共通の目的のために30年間議会で協力しており、ガンジー氏の死後に両者が争うことは良いことではないとして、パテル氏の辞任を拒否した。パテル氏の辞任は回避されたが、その後も政治問題に関してネルー氏とパテル氏の間には意見の相違が残った。ネルーが採用した3つの政策、つまり1948年にカシミール問題を国連に持ち込んだこと、1950年に中国に対してチベットに援助を与えなかったこと、そしてゴアからポルトガル人を追放する軍事行動をとらなかったことをめぐって、パテルとネルーの間には明確な相違があり、パテルは大統領が就任するまで留任した。死。ネルー氏がカシミール問題に関してパテル氏と内務省当局者を脇に置こうとしたとき、パテル氏は強く反応した。
1950年、ネルー大統領はラジェンドラ・プラサド博士に対し、ラジャゴパラチャリ氏を支持して大統領候補を撤回するよう圧力をかけた。ネルー大統領のこの行動は議会指導者らを深く怒らせた。議員たちは、ネルー大統領が自分の意志を議会に押し付けようとしていると感じた。ネルーはパテルに、ラジャゴパラチャリを大統領に就任させるためにネルーを支援するよう頼んだ。これに関してパテルは党の意向に反して働くことを拒否し、ラジェンドラ・プラサド博士が初代インド大統領に就任した。 1950年、ネルーはプルショッタム・ダス・タンドン議会大統領に立候補した。タンドンのイメージはヒンズー教の指導者のものだったため、ネルーはタンドンに反対し、ジーブラム・クリプラニを議会大統領にするよう訴え、それが実現しなければネルーは辞任すると述べた。パテル氏はネルー氏のアプローチに反対し、グジャラート州のタンドン氏への支持を表明した。クリパラニ氏はグジャラート州の住民だったが、グジャラート州からは一票も得られなかった。パテルはネルーの願いは議会の法律ではないと信じていたが、タンドンが勝利したとき、ネルーは議会の信頼を完全に失ったことを理解した。これを受けてネルー氏は辞任した。その後、パテルはネルーの辞任を拒否した。