1949年、80万人以上の難民が東パキスタンから西ベンガル州、アッサム州、トリプラ州に流入した。これらの難民はパキスタン当局によってインド領土に強制移住させられていた。これらは暴力と迫害によって殺害されたヒンズー教国民でした。ネルー首相は、パキスタンのリアコート・アリ・カーン首相に、この問題の平和的解決を見つけるよう呼びかけた。ネルーの態度に不満を抱いたパテルは、リアクアット・アリ・カーンに会い、そのようなふざけた行為はやめるべきだという厳しい口調でメッセージを送った。
これについてネルー首相は、インドとパキスタンの両国が少数派委員会を設立すべきであるとリアクアット・アリ・カーンに提案した。パテル氏はネルー氏のこの提案を強く批判した。シャマ・プラサド・ムカルジーとK.C.ネギはネルー大統領の宥和政策に怒り、閣僚を辞任した。