先土器時代（紀元前1万2000年～同2000年）
紀元前1万2000年頃には、ペルーの国土はすでに人類の手によって占められていました。高地のコルディエラ山脈には狩猟採集民が、沿岸部には漁労採集民が定住しており、彼らのキャンプ跡からは、かなり洗練され専門化された石製・骨製の道具類が数多く発見されています。
紀元前7000年～3000年にかけて、人間集団は次第に数を増やし、定住生活へと移行していきます。紀元前6000年頃からは、北部高地のギタレロ洞窟において、インゲン豆、カボチャ、トウガラシといった植物の栽培が始まりました。また標高4000メートルを超える高地では、それまで狩猟の対象だったビクーニャやグアナコなどの野生ラクダ科動物が、紀元前5000年頃から次第に管理されるようになり、その後の家畜化（テラルマチャイ岩陰遺跡）を経て、アルパカとリャマという二つの新たな種が生まれました。
一方、海岸部では紀元前3000年頃に最初の儀礼的建築群が建設されます。これは、強固な中央権力を軸に高度に組織された社会がすでに存在していたことを示すものであり、その経済はおよそ紀元前2000年頃から、トウモロコシの集約栽培と沿岸オアシスにおける灌漑用水路の整備を基盤としていきました。陶器は紀元前1800年頃に出現しますが、その導入は生活様式に劇的な変化をもたらしたわけではありませんでした。
重要なのは、紀元前7000年～2000年の間に、人々が狩猟・漁労・採集に依存する捕食的生活から、自ら食料（植物と動物）を生産する生活へと転換し、小規模な平等主義的集団から、はるかに複雑な社会構造へと組織を変えていったことです。この経済的・社会的進歩の頂点は、第一千年紀末に「大文化」たるチャビンの出現として結実することになります。
形成期（前期ホライズン）：紀元前2000年～紀元前100年
クピスニケ文化（紀元前2000年～紀元前400年）
クピスニケ文化はペルー北岸地方の地域文化の一つで、高地のコトシュ文化とともに、後の偉大なチャビン文化の母体となりました。最大の特徴の一つは儀礼建築の発展です。石と日干しレンガ（アドベ）を用いて「U」字形の神殿が築かれ、その壁面には、大きな猫科動物の牙を持つ擬人的な人物像を表した高浮彫りの彩色装飾が施されました。魚や猫科動物など動物を描いた自然主義的な場面も見られ、さらに複雑な例としては、セロ・セチン遺跡のものが挙げられます。ここでは神殿を取り囲む石碑に、戦争の行進や虐殺の場面が彫り込まれています。
クピスニケの経済は、トウモロコシ、インゲン豆、キャッサバ、カボチャによる灌漑農業を基盤とし、漁撈や貝類の採取によって補完されていました。陶器には二つの特徴的な形式があります。細長い円錐形の首を持つ瓶と、鐙形把手（あぶみがたてしゅ）付きの球形容器です。装飾は主に深い刻線によって施され、密閉式の窯での焼成により黒色が支配的でした。この文化はやがて、当時すでに高度に発展していたチャビン文化の影響を受けることになります。「杖を持つ神」のイコンの存在がそれを物語っています。
サリナル文化（紀元前400年～紀元前100年）
サリナル文化は北海岸で展開し、当時すでにチャビンの影響を大きく受けていたクピスニケ文化を受け継ぎました。その領域はチカマ、ビルー、モチェ、サンタの各渓谷に限られ、赤地に白彩という極めて簡素な装飾を施した独特の陶器様式で特徴づけられます。一部の器形はクピスニケを思わせますが、その他は独創的な創作であり、特に橋形把手によって球形容器に取り付けられた人物像を備えた作品が際立っています。
サリナル文化は、小さな村々に囲まれた巨大な沿岸神殿の時代から、本格的な都市化の始まりへと至る過渡期を担いました。最もよく研究されている遺跡の一つがセロ・アレナス（モチェ渓谷）です。ここには多様な種類の、おそらく用途別に専門化された建造物を含む大規模な石造建築複合体があり、明確に階層化されたヒエラルキー的社会の存在を反映しています。この文化は、後にモチェ（モチーカ）文化を生み出す源流の一つとなりました。
チャビン文化（紀元前800年～紀元前100年）
チャビン文化の根本的特徴は、建築と石彫、そして陶器に如実に表れています。曲線と渦巻き文からなる非常に独特な図像体系の中心的テーマは、両手に長い杖を持った、半分が人間、半分が猫科動物の姿をした擬人神です。このイメージがペルーの広範囲に分布していることは、北部アンデスに位置するチャビン・デ・ワンタール大神殿から発せられる文化的・宗教的覇権の存在を示しています。同神殿は第一級の文化の揺籃の地となり、地域間交流のプロセスを通じて、ペルー最北端から南部の渓谷地帯に至るまで自らの神々への信仰を広め、農事暦をも支配しました。
おそらくチャビン神殿は紀元前100年より少し前に放棄され、理由は不明のまま破壊されました。それまでその影響下にあった地域では文化的・宗教的規範が緩み、沿岸と山地の大規模な人口中心地はチャビン文化の美学的・イデオロギー的規範から解放され、個性の強い地域文化が次第に花開いていくことになります。
パラカス文化（紀元前2000年～紀元前100年）
パラカス文化はペルー南海岸、イカ渓谷内の明確に区画された地域で展開しました。「洞窟（カベルナス）」と「墓域（ネクロポリス）」と呼ばれる、文化的に明確に異なる二つの相続する段階を含んでいます。
より古い「カベルナス」段階は、岩盤に穿たれた深い埋葬室（「洞窟」）の内容によって確認されました。これらの集合墓には、重ね着けのマントに包まれたミイラが収められ、ひょうたんと陶器を主体とした供物が添えられていました。「カベルナス」様式の陶器は、簡素な器形の中に、焼成後に樹脂状のペーストを塗布して仕上げる多彩色装飾を特徴とします。
「ネクロポリス」段階では状況が逆転し、精巧に作られた陶器は果実形をした単彩色のものとなる一方、織物芸術は並外れた豊かさを見せます。世界で最も美しい織物の一つに数えられるのが、幻想的な多色の擬人像を刺繍したマントです。これらは広大な地下墓室（「ネクロポリス」）に安置された何百ものミイラを、幾重にも重ねて包んでいました。各ミイラは籠の中にしゃがんだ姿勢で納められ、全体が厚い円錐形の束となるよう布で巻かれています。「ネクロポリス」段階ではチャビンの影響が明瞭に反映されており、特に図像における「杖を持つ神」の存在が顕著です。紀元直前の時期、パラカス文化は急激な断絶を経ることなく進化を続け、やがてナスカ文化を生み出していきました。