一方、ジェファーソン氏は買収の合憲性について若干の懸念を抱いていた。彼は、連邦政府には各州の明確な同意なしに新しい領土を取得する権限はないと信じていた。しかし、彼は最終的には買収の利点が憲法上の懸念を上回ると判断した。
ジェファーソンは、購入交渉を行った駐フランスアメリカ大使ロバート・R・リビングストンに宛てた書簡の中で、「あなたが私に送ってくれた条約は、ここでは外交の傑作、そしていかなる例にも勝る先見性と判断力の傑作とみなされている」と書いた。外交の歴史の中で……ローマによるシチリア島の獲得以来、いかなる程度においてもそれに匹敵するものはない。」
ジェファーソンはまた、ルイジアナ準州が米国とその地域に住むさまざまなアメリカ先住民部族との間の紛争の原因となる可能性があることも認識していた。彼は、これらの部族と良好な関係を確立し、彼らの権利が確実に尊重されることが不可欠であると信じていました。
全体として、ルイジアナ買収に対するジェファーソンの反応は、興奮、感謝、そして慎重な楽観主義でした。彼はこの買収を米国の歴史における大きな節目であり、国の将来を形作る機会であると考えていた。