この正式な分離にもかかわらず、アインザッツグルッペンとドイツ軍は頻繁に緊密に協力しました。アインザッツグルッペンは後方支援、輸送、警備を軍に依存していた。多くの場合、陸軍はアインザッツグルッペンに地図、情報、捕虜へのアクセスを提供した。場合によっては、陸軍部隊がアインザッツグルッペンによる虐殺に直接参加したことさえあった。
しかし、アインザッツグルッペンとドイツ軍の間には緊張と衝突もありました。一部のドイツ軍将校はアインザッツグルッペンのやり方に不安を感じ、その活動から距離を置こうとした。親衛隊が資源や物資の面で優遇されているという事実に憤慨する者もいた。場合によっては、陸軍将校がアインザッツグルッペンの残虐行為を上官に報告したが、これらの報告は返答されないか、無視されることが多かった。
全体として、アインザッツグルッペンとドイツ軍との関係は、協力、対立、緊張が入り混じった特徴がありました。 2 つの組織は占領地域を征服し平定するという共通の目標を達成するために協力しましたが、その方法と動機には大きな違いもありました。