プルトニウム原子爆弾はウラン原子爆弾よりも強力ですが、製造がより困難でもあります。プルトニウム239は非常に放射性の高い物質であり、安全に取り扱うことが難しいためです。さらに、プルトニウム 239 は、ウラン原子爆弾に使用される核分裂性物質であるウラン 235 よりもはるかに希少です。
プルトニウム原子爆弾の製造にはさまざまな困難があるにもかかわらず、プルトニウム原子爆弾は数多くの核兵器実験やいくつかの実際の核攻撃に使用されてきました。第二次世界大戦中の日本の長崎と広島への原爆投下は、どちらもプルトニウム原子爆弾を使用して行われました。
今日でも、プルトニウム原子爆弾は世界の安全保障に対する重大な脅威であると考えられています。核保有国が紛争でこれらの兵器を使用したり、テロ集団がこれらの兵器を入手して使用したりする可能性があるとの懸念がある。