十六大国（マハージャナパダ）と呼ばれる時代、マガダは着実に勢力を拡大し、次第に北インド全体をその支配下に収めていきました。最初にマガダを統治したのはハリヤンカ朝であり、その後シシュナーガ朝、ナンダ朝へと続き、最終的にマウリヤ朝がナンダ朝を滅ぼして新たな支配を開始しました。
ハリヤンカ朝
ハリヤンカ朝の初代国王はビンビサーラです。彼の治世は紀元前544年頃に始まり、約49年間にわたったとされています。ビンビサーラは政略結婚によって王国の勢力を拡大する政策を採り、周辺諸国との婚姻関係を築き、遠くガンダーラとも縁戚関係を結びました。また、彼は釈尊（ゴータマ・ブッダ）と同時代人であったことでも知られています。
ジーヴァカはビンビサーラに仕えた宮廷医師として名を残しています。紀元前492年頃、王子アジャータシャトルは父ビンビサーラを殺害して王位を奪いました。アジャータシャトルは王国拡大のために武力征服の道を選び、有能な大臣の外交策略を活用して強敵ヴァッジ連合（ヴァッジ同盟）を打ち破りました。
アジャータシャトルの後を継いだのは息子のウダーインです。ウダーインはジャイナ教を信仰していたとされ、ガンジス川沿いにパータリプトラ（クスマプラ）の都を建設し、これを首都と定めました。
シシュナーガ朝
シシュナーガは紀元前412年頃、ハリヤンカ朝最後の君主を倒して新王朝を創設しました。彼はパータリプトラに加えてヴァイシャーリーを第二の首都としました。シシュナーガの後継者はカーラーショーカ（別名カーカヴァルニン）であり、この時代には第二回仏教結集がヴァイシャーリーで開催されたことで知られています。
ナンダ朝
シシュナーガ朝最後の君主ナンディヴァルダナを倒し、マハーパドマ・ナンダがナンダ朝の基礎を築きました。彼は仏典の中では「ウグラセーナ」の名で言及されています。ナンダ朝最後の君主となったのはダナナンダです。
マハーパドマ・ナンダは「唯一の支配者（エーカラート）」とも称され、多くのクシャトリヤ（王侯・武士階級）を打ち倒した実力者として伝えられています。ダナナンダの治世中には、北西インドへアレクサンドロス大王の軍勢が侵入するという歴史的転換点が訪れました。
アレクサンドロスのインド侵攻
紀元前326年、アレクサンドロス大王がインドに侵攻しました。彼はギリシャのマケドニア王国の王であり、哲学者アリストテレスに師事したことでも有名です。アレクサンドロスはカイバル峠を越えてインド亜大陸へ入りました。この侵攻当時、マガダの王座にあったのはナンダ朝のダナナンダでした。
アレクサンドロスはパンジャーブ地方の勇将ポロスとヒュダスペス川（現在のジェルム川）の戦いで激突し、負傷したポロスを捕虜とすることに成功しました。しかしその後、バイアス川（ヒュファシス川）に達したところで、長期の遠征に疲弊した兵士たちはこれ以上の東進を拒否しました。インドに約19か月間滞在した後、帰還の途上にあったアレクサンドロスは紀元前323年、バビロンでこの世を去りました。