しかし、ACLU は、赤狩り時代に起きた市民的自由の侵害の多くに異議を唱える上で極めて重要な役割を果たしました。赤狩りは、共産主義の影響に対する恐怖の高まりと、米国内の潜在的なソ連のスパイに対する被害妄想を特徴としており、言論、結社の自由、その他の基本的権利の大幅な抑圧につながった。
憲法上の権利に対するこれらの侵害に対抗して、ACLUは、共産主義者との関連疑惑に対する政府調査、忠誠委員会、議会調査の対象となった個人を精力的に擁護した。この組織は、多くの訴訟における適正手続きの欠如に異議を唱え、憲法修正第 6 条による弁護士の権利の承認を主張し、公務員に共産主義活動の疑いのある活動との関わりを放棄することを義務付ける忠誠心テストに反対した。
ACLU やその他の公民権団体の擁護は、赤狩りの最もひどい行き過ぎを最終的に終わらせる上で極めて重要であり、社会危機の中での市民的自由保護の価値についてのより深い理解を形成することに貢献しました。