アメリカに定住した初期の頃、ピューリタンはネイティブアメリカンに対して比較的友好的でした。彼らは彼らと貿易関係を築き、さらには彼らと婚姻関係を結びました。しかし、ピューリタンの人口が増加し、居住地が拡大するにつれて、緊張が高まり始めました。ピューリタンたちは、ネイティブアメリカンを自分たちの土地と生活様式に対する脅威としてますます認識するようになりました。
1637年、清教徒とピクォート族の間でピクォート戦争が勃発した。この戦争はピクォート族にとって大惨事となり、事実上全滅した。この勝利はピューリタンにネイティブアメリカンに対する優越感を与え、自分たちが神に選ばれた民であるという信念を強化した。
その後の数年間、清教徒は入植地を拡大し続け、ネイティブアメリカンを土地から追い出しました。彼らはまた、ネイティブアメリカンをキリスト教に改宗させようと試み続けたが、成功は限られていた。
17 世紀の終わりまでに、ピューリタンはニューイングランドで支配的な地位を確立しました。ネイティブアメリカンは敗北するか、その地域から追い出されました。ネイティブアメリカンに対するピューリタンの態度は、恐怖、憎悪、軽蔑が入り混じったものだった。