ジョンの父親ピーターは奴隷を所有する裕福な農園主でした。ジョンは奴隷所有社会で育ち、当初は奴隷制度を普通のものとして受け入れていました。しかし、成長するにつれて、奴隷制度の道徳性に疑問を抱くようになりました。彼は奴隷が人間としてではなく財産として扱われているという事実に悩み、奴隷に対してしばしば加えられる残虐行為や暴力についても認識していました。
1770 年代初頭、ジョンは奴隷制に反対する声を上げ始めました。彼は一連のエッセイを書き、奴隷制は道徳的に間違っており、廃止されるべきだと主張した。彼の最も有名なエッセイ「アメリカにおけるアフリカの奴隷制度」の中で、彼は次のように書いています。
>「アメリカの奴隷は自由を剥奪されているだけでなく、最も衝撃的な残虐さと野蛮さで扱われています…彼らは、ほんの少しの挑発もなく、そして最も些細な罪で殴られ、鞭で打たれ、拷問を受けています。彼らは時には最も残酷で非人道的な方法で殺されることもあります。」
ジョンはまた、奴隷制度は経済に有害だと主張した。彼は、奴隷制が自由で豊かな社会の発展を妨げ、社会的不平等と紛争を引き起こすと信じていました。彼はこう書きました。
> 「奴隷制はそれ自体が悪であるだけでなく、国にとって多大な出費と不便の原因でもあります。人口増加と土壌改良を妨げます。産業を阻害し、怠惰と贅沢を生み出します。 」
ジョンの奴隷制度に対する見解は、当時としては過激なものでした。彼はアメリカで奴隷制に反対の声を上げた最初の白人の一人であり、奴隷所有者や他の奴隷制支持者からのかなりの反対に直面した。しかし、奴隷制度は間違っているという信念は決して揺るがず、死ぬまで奴隷制度廃止のために闘い続けました。
1777 年、ジョンは奴隷制廃止に特化した米国最初の組織の 1 つであるペンシルベニア奴隷制度廃止協会の設立に貢献しました。彼は 1787 年から 1791 年まで協会の会長も務めました。ジョンの奴隷制度廃止活動は米国の奴隷制度廃止運動を刺激するのに役立ち、最終的には 1865 年の奴隷制度廃止につながりました。