インカの宗教は、多くの先住民の宗教と同様に、自然そのものを神聖な存在として捉える多神教でした。太陽、月、大地、雷など、自然界のあらゆるものに神々を見出し、それらを崇拝の対象としていました。また、世界中のほとんどすべての宗教と同じように、自らの民族の起源に関する神話も持っていました。
インカの宗教における主要な神々
創造神ウィラコチャ（Viracocha）は、「天空の老人」「世界の主」と称される最高神で、文化英雄としての側面も併せ持っています。大地や動物、人間を創造し、万物の所有者であるとされたため、インカの人々は生贄や貢物を捧げることなく彼を崇拝しました。
ウィラコチャは最初の人類を創造しましたが、これを滅ぼして今度は石から人間を作り直したと言われています。そして四人の方角へと人間たちを散らばらせました。文化英雄として人間にさまざまな技術や工芸を教え、数々の旅を続けてエクアドルのマンタにたどり着き、そこから太平洋へと旅立ったと伝えられます。ある伝承ではマントで作った舟で海を渡り、別の伝承では水面の上を歩いて渡ったとも語られています。
太陽神インティ（Inti）は、王族の守護神でした。その温もりはアンデスの大地を潤し、植物を実らせました。輝く円盤の上に人間の顔を浮かべた姿で表現され、冬至には盛大な太陽祭「インティ・ライミ」が祝われました。太陽を迎えるために、生贄を焼く篝火が焚かれ、コカの葉やトウモロコシが捧げられました。祭りの終わりには、人々はこう唱えたといいます。
「おお、創造主よ、太陽よ、雷よ、いつまでも若くあれ！民を増やしたまえ！平和の中で生きさせたまえ！」
インティの妻は月の母ママ・キリャ（Mama-Kilya）で、女性の月経周期を司る存在とされていました。
雨の神アプ・イヤップ（Apu Illapu）は農業の神でもありました。乾季には、高地に建てられたイヤップに捧げられた神殿への巡礼が行われました。干ばつが長引けば、人身御供が捧げられることもあったといいます。インカの人々は、イヤップの影が天の川にあると信じ、雨となって地上に降り注ぐ水はそこから湧き出ると考えていました。
その他の重要な神々としては、大地母神パチャママ（Pachamama）――目に見える世界の支配者であり、山や岩、平原の主――、そして万物の成長を促す精霊パチャカマック（Pachacámac）――穀物、動物、鳥、人間の父なる精霊――が挙げられます。
インカの伝説
何百万年も前、宇宙の創造者ウィラコチャは二人の子ども、月の娘ママ・オクリョ（Mama Oclo）と太陽の子マンコ・カパック（Manco Capac）に命を与えました。二人はそれぞれチチカカ湖に浮かぶ月の島と太陽の島に置かれ、共に帝国を築くべき場所を探す旅に出ました。
現在のクスコがあるアンデス高原にたどり着いたマンコは、自分の杖を地面に突き刺すと、大地が割れて杖を飲み込みました。こうして彼はその地を「クスコ（世界のへそ）」と名付けました。以来長年にわたり、この場所はインカ帝国の首都とされ、帝国の歴史的な要塞群がここに築かれました。
クスコの街はピューマの形を模して建設され、その頭部にあたる場所にはサクサイワマンの要塞が置かれました。この地域は今なお謎に包まれており、クスコからコリカンチャ（太陽の神殿、現在はサント・ドミンゴ教会が建つ）へと至る地下通路の伝説なども語り継がれています。
さらに、最後のインカ皇帝アタワルパの首はクスコに埋葬されたという言い伝えもあります。それは時とともに大地が彼の体を再生させ、ヨーロッパ人よりも速く発展していた民族の文化を尊重しない者の手から帝国を解放するために、再び帰還できるようにするためだと言われています。
この伝説には別のバージョンもあります。大洪水の後、生き残ったのは男と女、すなわちママ・オクリョとマンコ・カパックだけだったというものです。二人はトトラ葦の筏でチチカカ湖畔へ流れ着き、新たな住処を求めて旅立ちました。アンデス高原に到着すると、マンコ・カパックは杖を地面に突き立て、その地をクスコ（世界のへそ）と名付けました。ここから輝かしいインカ帝国の歴史が始まったのです。
第五の太陽とパチャクティ
インカの人々は、自分たちが第五の世界に生きていると信じていました。以前の世界はそれぞれ千年続き、千年ごとに新しい太陽が現れ、年月の計算がまた一から始まると考えられていました。そして二つの時代が交わる瞬間に訪れるのが「パチャクティ（Pachacuti）」、すなわち世界の逆転です。これは大変革の時であり、破壊と荒廃、そして再生の時を意味します。そのため、インカの人々はスペインによる征服と破壊を、まさにパチャクティの到来として受け止めたのです。
この時間の概念は、キリスト教における終末審判の思想にも通じるものがあります。ただし聖書ではそれが未来の出来事として捉えられるのに対し、パチャクティは今まさに起きており、新しい太陽の帰還とともに終わると考えられていた点が異なります。