サン カルロス ボロメオは、太平洋の台風帯に位置し、サンバレス山脈に近いため、自然災害が発生しやすいです。自治体における最も一般的な自然災害は、台風、大雨、地震です。
近年、サン カルロス ボロメオはいくつかの大きな台風に見舞われています。台風ペペン（国際名：パルマ）は、2009年10月3日にルソン島に上陸しました。この台風は、サン・カルロス・ボロメオで広範囲に洪水と被害をもたらしました。また、台風グレンダ（国際名：ラマスン）は、2014年7月14日に上陸し、被害をもたらしました。自治体に甚大な被害。
2022 年 8 月 11 日、サン カルロス ボロメオはアブラ州タユム付近を震源とするマグニチュード 7.1 の地震に見舞われました。地震により地滑りが発生し、建物、住宅、インフラに被害が生じました。多くの人が負傷したり死亡したりしました。
また、この自治体は山がちな地形のため、地滑りの危険にもさらされています。大雨は洪水や地滑りを引き起こし、インフラや財産に損害を与える可能性があります。この州はフィリピン断層帯の近くに位置しているため、地震の危険もあります。
フィリピン火山地震学研究所 (PHIVOLCS) は、この地域の地震活動を監視しています。同庁は、差し迫った自然災害が発生した場合に住民に勧告や警告を発表する。
自然災害の影響を軽減するために、サン カルロス ボロメオ市は、避難所の建設、地域住民への防災訓練、訓練の実施など、いくつかの対策を実施してきました。地方自治体はまた、国の機関や非政府組織と協力して、影響を受けたコミュニティに援助と支援を提供しています。