ベルゼツの主な任務はユダヤ人の絶滅であったが、他の収容所でもロマ族やシンティ族を殺害した。 1942年3月17日から1943年6月28日までの収容所運営中に、推定45万人から50万人のユダヤ人、および少数のロマ族とシンティ人がガス室で殺害された。
犠牲者は当初ポーランド南部と東部のゲットーからベルゼツまで鉄道で輸送され、その後リヴォフとスタニスラヴォフのゲットーからも運ばれた。典型的な日には、12,000人ものユダヤ人が収容所に到着し、ほぼ全員が同じ日に殺害されました。ベルゼツの殺害施設は、1943 年春にドイツ軍がワルシャワ ゲットー蜂起を鎮圧した後、解体されました。その後、ナチスは虐殺の知識を隠蔽するために証拠を隠滅しました。