黒旗軍（中国語：黑旗軍、ピン音：Hēiqíjūn）は、19世紀後半にインドシナ半島で活動し、主にフランス勢力と対立した中国の非正規兵部隊である。その名は、部隊が黒地の旗を掲げたことに由来するとされる。
太平天国の残党から黒旗軍へ
黒旗軍の中心人物は、指導者の劉永福（リウ・ヨンフー、ベトナム語読みでルー・ヴィン・フック、1837年〜1917年）である。彼らは太平天国の乱（1850年〜1864年）に関わった反乱軍の出であり、乱が鎮圧された後の1864年、中国本土を追われてトンキン（ベトナム北部）へと移った。
ベトナム朝廷による利用と地位の獲得
当時のベトナム（アンナン）朝廷は、紅河と黒河の間に広がる山岳地域の諸民族への対応のため、黒旗軍の武力を活用した。こうした貢献により、劉永福は阮朝の宮廷から正式な官位を授けられている。
フランスとの衝突と清仏戦争
やがて黒旗軍は、紅河流域に進出しようとするフランス勢力にとって脅威となっていく。1881年、アンリ・リヴィエール率いるフランス遠征部隊が派遣されると、両者の対立はさらに激化し、清仏戦争（1881年〜1885年）へと発展した。
戦争中、黒旗軍は清の帝国軍と共闘してフランス軍と戦った。清政府は、かつての反乱者である彼らについて、「中国国外にとどまること」を条件にその存在を黙認していたのである。
トゥエンクアン包囲戦
1885年には、トンキンの要塞都市トゥエンクアンにおいて、フランス軍守備隊（主力はフランス外人部隊）を包囲する戦闘に参加したことで特に知られている。