新王国の輝かしい時代が終わると、エジプトは再び国力の衰退と政治的不安定に見舞われました。この時代は「第3中間期」と呼ばれ、多数の王朝が並立あるいは相次いで権力を握った混乱の時代でした。
第3中間期の国際情勢
この時期の中東では中アッシリア帝国が形成されつつあり、その頃合いはギリシャ人が小アジア（アナトリア）へ最初の植民を始めた時期ともほぼ重なります。また、カルタゴの建設（紀元前814年）もこの時代に行われました。紀元前1千年紀に入ると、ヒッタイト（ハッティ）の後継国家としてフリュギアやマイオニア王国、さらに新ヒッタイト諸公国やアラム人諸公国が知られるようになります。そしてこの時代こそ、フェニキア人が地中海全域へ進出した拡張の時期でもあったのです。
第3中間期の王朝
第21王朝（紀元前1080～945年）
この時代、上エジプトとヌビアには「アメンの神権国家」が形成されました。アメン神は死者の審判者としての役割をオシリス神から引き継いだ神です。宗教自体は多神的な性格を保ち、他の神々への崇拝もアメン神の栄光を高めるものとして続けられました。
この時期のエジプトには二つの王国が存在しました。南のテーベ（アメン大司祭たちの政権）と、北のタニスです。
a) テーベではヘリホル（前1080～1074年）が支配しました。彼は老齢で王位についたため在位はごく短く、「王兼大司祭」としての権威はテーバイ地方だけでしか認められず、常にタニスの君主スメンデス1世（前1069～1043年）の臣下（ただし事実上は独立）であるとみなしていました。
テーベではヘリホルの後を息子ピアンク（前1074～1070年）が継ぎましたが、彼は王号を名乗りませんでした。こうしてエジプトは少なくとも表面上は、タニスのスメンデス1世のもとで再び統一された形となりました。彼の治世にこの首都（旧アヴァリス）では大きな変革が起こり、古来のセト神崇拝が放棄されて、テーベ三柱神アメン・ムト・コンスの信仰へと置き換えられました。
b) タニスではプスセンネス1世（前1039～991年）がテーベのアメン大司祭と良好な関係を保ちつつも、全エジプトを支配する権利を決して手放しませんでした。
c) テーベではその後、ピアンクの子ピネジェム1世（前1070～1032年）が支配しました。彼はタニス王プスセンネスの娘と結婚し、王冠に対する実際の権利を獲得しています。アメン大司祭、テーベ市長、宰相、軍司令官を兼ね、即位以前からすでに一大人物でした。テーベの統治は息子マサハルタ（前1054～1046年）が継ぎましたが、彼は早世したため都市に大きな動揺が走りました。おそらくテーバイの人々が実質的な独立を求めたのでしょう。次いで弟のメンクヘペルラー（前1045～992年）が跡を継ぎ、同じくアメン大司祭としてピネジェム1世の子でした。その後は息子たちのスメンデス2世（前992～990年）、ピネジェム2世（前990～969年）が続き、こうした半ば独立した大司祭たちの最後が、タニス王と同名のプスセンネス3世（前969～945年）でした。
d) タニスでは、アメネモペ（前993～984年）、続いて老オソルコン（前984～978年）、シアムン（前978～959年）が相次いで統治し、その後を第21王朝最後の王プスセンネス2世（前959～945年）が継ぎました。
テーベでピネジェム2世が大司祭職にあった頃、ヘラクレオポリスのリビア人家族が頭角を現し始めます。その家長セソンク（シェションク）こそ、のちに第22王朝初代ファラオとなる人物です。こうして王朝交代が実現しましたが、それがどのような経緯で行われたのかを伝える記録は残っていません。
第22王朝（紀元前945～712年）
シェションク1世（前945～924年）はリビア人で、おそらくベルベル系の出でした。かつてラムセス3世に幾度も撃退されたこれらベルベル人は、本質的に戦士民族であり、歴代ファラオの傭兵として仕え、報酬として土地を与えられていました。その結果、エジプト国内には首長を頂点とする彼らの入植地が形成されていたのです。
シェションクはテーベでは必ずしも歓迎されず、同地の聖職者の一部は上ヌビアのナパタへ移住しました（これはのちの第25王朝「エチオピア系の王たち」、すなわちアメンの祭司たちの起源になった可能性があります）。
対外的には、この頃パレスチナはダビデ王のもとで強盛であり、その子ソロモンはエジプトの王女と結婚しました。この時期、ソロモンから逃れてエジプトへ亡命したのがヤロブアムです。ソロモンの死後、ヤロブアムはイスラエル部族とともにイスラエル王国を建国し、一方レハベアムはユダとベニヤミンの部族とともにユダ王国を建てました（紀元前935年頃）。その5年後、シェションクはエルサレムを攻略し、エジプトはパレスチナから持ち帰った莫大な戦利品によって約2世紀にわたり潤うことになりました。彼はフェニキアとも良好な関係を保ち、エジプトのアジアにおける威信も維持されました。
内政面では、この王は建築事業を再開し、神々の神殿を再建しました。
シェションク1世の後継者たち――オソルコン1世、シェションク2世、タケロト1世など――については、きわめて乏しいことしか知られていません。彼らは主としてデルタに居住し、ブバスティスとタニスに彼らに言及する記念碑が残されています。この時期、テーベの祭司たちはふたたび力をつけ、王号を僭称するようになりました。これはシェションク1世の権威がさほど強固ではなかったことを物語っています。
当時の人口は職業階級に分けられていました。すなわち祭司、職人、牧民、狩人、農民、戦士です。ディオドロスによれば、階級間の移動はまったく許されず、特に軍人階級が他の職業に就くことは厳しく禁じられていたといいます。軍人は次の二つに分けられていました。
a) カラシリエス：約25万人。主にデルタ中央部および東部のノモス（州）に配置されていました。
b) ヘルモティビエス：約16万人。主にデルタ西部に配置されていました。
第23王朝（紀元前817～730年）
第22王朝の末期には封建的な分裂状態に陥り、第23王朝（前817～730年）は第22王朝と並行して存続しました。その足跡はとりわけ上エジプト、カルナックに残されています。この時代、「アメンの神の妻（神妃）」の系列が始まりました。これは王家の姫たちがファラオによってアメンの妻に任命され、神の富を管理・統制する役目を担った制度です。最初の神妃はオソルコン3世の娘シェペヌウェペトでした。彼女たちはその後2世紀以上にわたりテーベの実質的な支配者となります。この王朝最後の王はオソルコン4世で、サイス出身の第24王朝初代王テフナクトによって廃位されました。