ジュナーガド・ナワブのパキスタンへの参加の発表はジュナーガドの人々に不安を引き起こし、人々はナワブの行動に反対し、独立した臨時政府を樹立した。インド政府はパキスタンのリアクアット・アリ首相に電報を送り、ジュナーガドの加盟を拒否するよう求めた。マウントバッテン卿は、総督府参謀長イズメイ卿の手でこの電報をカラチに送った。リアクワット・アリは、イスメイ卿とともに送った電報が関係大臣ジャワハルラール・ネルーの署名を拒否されたとして、インド政府のこの要求を受け入れることを拒否した。 1947年9月13日、パキスタン政府はジュナーガド・ナワブの決定が受け入れられ、今後はパキスタンの一部とみなされると発表した。
パキスタンからの小規模な派遣団が海路でジュナーガドに派遣された。パキスタンのこの行動は、インドの国境に囲まれた諸君主国家はインド国内に存在しなければならないということで双方が合意した、議会とイスラム連盟の間で達した合意に違反するものであった。
パキスタンがジュナーガド併合の発表を受け入れた後、ナワブ・ムハンマド・マハバット・ハンジの兵士がジュナーガド州のヒンズー教徒を迫害し始めたため、ヒンズー教徒の大半がジュナーガドから逃亡した。ジュナーガド周辺にはヒンズー教の小さな王子国家が集まっていました。
ナワブは軍隊を派遣してこれらの王子国家を乗っ取りました。彼はインド政府に援助を求めた。マウントバッテン氏は、この問題は国連に持ち込まれるべきで、さもなければインドとパキスタンの間で戦争が勃発するだろうと示唆した。サルダール・パテルはこの提案が気に入らなかった。彼らはまた、ジュナーガドに厳しい教訓を教えることで、ハイデラバードとカシミールに挑戦したいと考えていました。
1947年9月24日、インド政府はカティアワール国防軍にジュナーガドに対して行動を起こすよう要請した。この軍隊はジュナーガドを四方八方から包囲した。数日後、ジュナーガド軍に兵站が不足すると、インド軍が前進した。ジュナーガドの人々はこの軍隊を歓迎しました。
1947 年 10 月 24 日、ナワブは専用の飛行機でパキスタンに逃亡しました。彼は4人の妻と数百頭の犬を飛行機に乗せたかったが、1人の妻とたくさんの犬がジュナーガドに残された。ナワブは宝石もすべて持ち去りました。ナワブとその家族はカラチに定住しました。 1947 年 11 月 9 日、インド軍はジュナーガドを占領しました。
1948年2月20日、ジュナーガドでインド政府によって住民投票が実施され、王子国家の人口20万人以上が参加し、人口の99パーセントがインドへの加盟を希望した。ナワブ・ムハンマド・マハバット・ハンジは、1959 年 11 月 17 日にパキスタンで亡くなりました。ジュナーガドのナワブ・シャー・ナワズ・ブットもパキスタンに行き、そこでカラチの広大な土地を与えられました。