トゥパック・インカ・ユパンキは、パチャクテクとママ・アナワルケの息子であるインカ皇族でした。およそ16歳のとき、父から共同統治者（コレイナンテ）に任命され、有能な補佐役・協力者として活躍します。生まれながらの戦士であった彼は、無敵の征服者として帝国の国境を拡大していきました。
北方への進軍とチムー王国の征服
まずクスコ王国の要塞を強化した後、北へ進みワマンガのポクラ族を打ち破りました。続いてハウハへ向かい、チンチャイコチャではリャクタ（都市）であるプンプを建設しています。
ワイラスでは予防措置として、先住民の要塞チュンゴマルカとピヤグアマルカを解体。そこから東へ転じ、ワヌコを征服してワヌコ・パンパのリャクタを築きました。さらにカハマルカへ進んで本部を設け、ここを作戦基地として海岸方面へ向かい、チムー王国の征服に乗り出します。
この戦争は数年におよびました。チムーの人々は勇敢に抵抗しましたが、モチェ川の水を砂地へ迂回させ、首都チャン・チャンへの水の供給を絶つことで、ようやくその抵抗は打破されたのです。
その後もチャチャポヤス、ワンボス、トバコナス、グアイアコンドスを次々と平定。勝ち誇るようにキトとカヤンベまで進軍し、南はカランゲ王国にまで達しました。膨大な戦利品を携えてクスコに凱旋すると、2年間の休息を取り、その間に父の姉妹にあたるママ・オクリョと結婚しています。
さらなる遠征と海上探検の伝説
休息の後、彼はワイヤコンドスの完全征服を掲げて再び北へ出発しました。続いてパイタ王国へ向かい、その勢力と重要性を削ぐために小さな首長国へと分割します。これは父がアイアルマカに対して用いた手法と同じであり、後年には息子のワイナ・カパックが同じ方法をチムー王国に対して実行することになります。
その後、カニャーリ族の王国へ侵攻しました。激しい抵抗を受けましたが、最終的にこれを打ち破り、トゥメバンバのリャクタを建設し、キト地方にはキンチェ要塞を築きました。ほどなくして、妻ママ・オクリョとの間に息子クシ・ワリャパ（後のワイナ・カパック）がこの町で生まれています。
さらに北岸へ下り、チョノ、ワンカビルカ、パチェス、プナ島の征服を目指しました。山岳民ばかりの部隊にとって熱帯気候は大きな試練となる苦難の遠征でしたが、それでも彼は勝利を収めます。
ポリネシア到達説
そして海岸で遠い島々の噂を耳にした彼は、壮大な筏艦隊を編成し、2万人の兵士を率いて出航。ニンチュンビとアクアッチュンビと呼ばれる島々に到達したと伝えられています。一部の歴史家は、彼がポリネシア、特にマンガレヴァ島に到達したと考えています。18世紀、同島の住民は東からやって来た「インカ」と呼ばれる首長の到来についての伝説を語っており、マルキーズ諸島にも同様の物語が存在するのです。
事実、彼は2年後に黒人、真鍮の椅子、毛皮、馬の顎骨などを持ち帰り、これらはサクサイワマン要塞に保管されたといいます。
グアヤスの岸に上陸した彼はトゥメバンバへ戻って妻子を迎え、クスコへの帰路につきました。パラモンガでは太陽神に捧げる神殿を建てさせ、パチャカマックの聖域では40日間の断食を行います。その後、フアロチリを経由して高地を登り、ハウハに到達しました。
クスコでの歓迎は壮麗を極めました。3万人の人々が市郊外まで出迎え、模擬戦闘が演じられ、祝祭は数日間にわたって続きました。これらは父パチャクテクが計画したもので、強大な王国がもう残っていないこと、帝国が完全な権力を手にしたことを象徴する行事だったのです。
インカへの即位と帝国の再編
1471年頃にパチャクテクが死去すると、子供や女性を犠牲に捧げるプルカヤ（葬送儀礼）が執り行われました。こうして即位したトゥパック・インカ・ユパンキは、戦術に熟達し、優れた行政手腕を備えた、共同統治の経験を十分に積んだ人物でした。
彼の政治的・軍事的業績は、秩序と平和を保ちながら帝国の版図を広げることに注がれました。軍を整えてアンティスヨへ進軍し、アグアトマ、アマロ、ピルコパタの三方面からジャングルへ侵入。オトロンコ・アチャチとチャルコ・ユパンキという二人の勇将の支援を得て、ヤナシミ、オタパリ、マヌの部族を征服しました。別の将軍クシ・リマチはカマタ街道を辿り、伝説の地パイイチティにまで到達しています。この地域への関心は、槍の材料となるチョンタ材や薬用植物、珍しい鳥の確保、そしてコカ栽培に適した土地の獲得にありました。
遠征中、兄弟のアマロ・ユパンキから、コジャ人がプキナ人やオマスジョ人の助力を得てクスコへ進軍しているとの報せが届きます。争乱は2年間続き、トゥパック・ユパンキの勝利に終わりました。勝利を確実なものとするためコジャ領への侵攻が必要となり、彼はチャルカスまで進みました。しばらく当地に留まって軍を再編成し、新たな征服に備えます。
チャルカスから南へ向かった彼はアラウカニア人の領土に侵入し、ミチマロンゴとタンガロンゴの二人の王を服属させました。さらに進んでプレンとトゥカペルを攻撃し、マウレ川で停止。ここではコジャの人々を移住民（ミティマエス）として移すのが得策であると判断しました。
クスコへ戻った彼は厳格な政治支配を確立しました。また、統治の効率化のため帝国を四つの地域――チンチャイスヨ、アンティスヨ、コジャスヨ、コンティスヨ――に分割しました。すべての地域はクスコに集約され、クスコはそのゆえに「世界の中心」とみなされることになります。
1493年、彼はチンチェロで死去しました。寵妃の一人チュキ・オチョによる毒殺だったといわれています。彼の血統は「カパック・アイリュ」と呼ばれました。