なぜイギリス女王は内戦中に南部連合を支持するのでしょうか?

あなたの質問の前提は正確ではありません。南北戦争（1861年～1865年）中にイギリスの君主だったビクトリア女王は南部連合を支持しなかった。実際、イギリス政府は正式に紛争における中立を宣言し、戦争中不干渉政策を維持した。

英国貴族の中には南部連合に同情する者もおり、その中には公然と支持を表明した者もいたが、女王自身や英国政府全体が南部連合の大義を支持したと言うのは正確ではない。