ブラジルにおける異端審問は、植民地時代に始まりました。ブラジルが発見された当時、この運動はすでに12世紀以来、フランス、イタリア、ポルトガル、スペインで展開されていました。キリスト教の教義に対する脅威である「異端」と戦う必要性はそれぞれの植民地にも存在したため、運動は植民地へと拡大し、16世紀から18世紀にかけてブラジルにも及ぶこととなりました。
異端審問は、聖務局（サント・オフィシオ裁判所）を通じて行われた、ローマ・カトリック教会による異端撲滅のための運動です。異端の疑いをかけられた人々は裁かれ、過酷な拷問を受けました。
ブラジルで異端審問はどのように行われたのか
ブラジルにも異端審問の統制は存在しましたが、その進め方は、聖務局が実際に設置されていたポルトガル本土とは異なるものでした。
1. 審問官の訪問
ブラジルには、人々の言動を調査し、教会が定めた原則に反するいかなる行為も抑止することを目的とした審問官が訪れました。歴史的には3回ないし4回の訪問が記録されており、第1回は1591年〜1595年、第2回は1618年〜1621年、第3回は1627年〜1628年、そして第4回は1763年〜1769年とされています。
ブラジル最初の審問官はエイトル・フルタード・デ・メンドンサという人物でした。審問官たちは、このポルトガル植民地の習俗を管理する責任者として聖職者を任命し、カトリックに反するあらゆる慣習を根絶することを主な使命としました。
2. 異端の調査と告発の実態
監視を命じられたのは聖職者だけではありません。一般の人々も誰でも他人を告発でき、しかも匿名での告発が認められていたため、日常的な諍いをきっかけに、近隣住民や親族同士の私怨による告発が横行しました。
教会は異端犯罪とみなされる行為のリストを作成しており、そこには魔術、ユダヤ教の慣習、重婚、姦通、ソドミーなどが含まれていました。
こうして主に迫害されたのは、異端者（キリスト教の教義への脅威）とみなされた治療師たち、そして何よりも改宗ユダヤ人――いわゆる「新キリスト教徒」でした。彼らは密かにユダヤ教の慣習を守り続けていると信じられていたのです。
忘れてはならないのは、ブラジルの最初の住民は先住民（インディオ）であり、彼らの病気治療の知恵が新たな入植者たちに広まり、やがて「治療師」と呼ばれる人々を生み出したという点です。彼らこそが後に迫害の対象となりました。
一方、新キリスト教徒（ユダヤ人）は、ポルトガルで強制的に改宗させられた人々でした。多くがブラジルへ逃れたため、ポルトガル当局は、遠隔地に住む彼らがユダヤ教へ回帰し、信仰を実践し、布教の場を得る機会があると警戒したのです。
疑いが持たれると、任命された聖職者はただちに事件簿を作成し（ブラジルでは約1,000件が開かれました）、人々は逮捕されました。多くの場合、本人は自分が何の罪で訴えられているのかさえ知らされませんでした。その後、彼らはポルトガルへ送還され、車輪刑や杭打ち刑といった拷問、あるいは火刑による死をもって裁かれたのです。
ブラジルの異端審問博物館
2012年8月、ベロオリゾンテに「ブラジル異端審問歴史博物館」が開館しました。この都市では、異端審問の犠牲者を追悼する記念日として3月31日が制定されています。
博物館にはビデオルームと図書室が設けられており、異端審問時代の原本資料のほか、拷問器具のレプリカも展示されています。