しかし征服が達成されると、征服者と原住民との関係は険悪なものになった。コルテスとその部下たちは、スペイン統治を確立し維持するために、虐殺、奴隷化、キリスト教への強制改宗など、数多くの残虐行為を犯した。
エルナン・コルテスがアメリカ先住民をどのように扱ったかの具体的な例をいくつか挙げます。
- 大虐殺 :1520年、コルテスとその軍隊は首都テノチティトランで数千人のアステカ人を虐殺した。この虐殺はスペイン兵に対するアステカ族の攻撃によって引き起こされたが、コルテスの対応は不釣り合いで残忍なものだった。
- 奴隷化 :コルテスとその部下は多くのアメリカ先住民を奴隷にし、金鉱山やプランテーション、家事使用人として働かせました。奴隷化の状況はしばしば過酷であり、その結果として多くのネイティブアメリカンが死亡した。
- 強制変換 :コルテスと彼に同行したスペイン人宣教師は、多くのネイティブアメリカンにキリスト教への改宗を強制しました。拒否した者は拷問を受けるか殺害されることが多かった。
- 先住民文化の破壊 :コルテスとその部下は、寺院、記録、芸術作品など、アメリカ先住民の文化の多くを破壊しました。これは、先住民の歴史と伝統を消去し、スペインの文化と宗教に置き換えようとする試みでした。
エルナン・コルテスとその部下によるアメリカ先住民の扱いは、メキシコの先住民人口減少の大きな要因となった。コルテスの到着時に推定2,500万人だった人口は、16世紀末にはわずか200万人にまで減少した。