1823 年に内戦が始まったとき、ヨアニス・マクリギアニスは当初自分がコロコトロニス派の側にいることに気づきました。しかし、ゲンナイオス・コロコトロニスと対立したため、彼は敵対者の命令に従い、1824年3月に政府当局者が占領したトリポリツァにおけるコロコトロニスの分派と戦った。
マクリギアニスは政府関係者によって中将に任命された。しかし、そうこうしているうちに、戦況は逼迫し始めた。勝利を収めたクントリオティスの政府高官たちが勝利を祝っている間に、悪い知らせがもたらされた。トルコ人はプサラを破壊した。さらに悪いことがすぐに続きます。しかし、マクリギアニスは、トルコの上陸の可能性から島を守るために、政府によってヒドラ島に派遣された。 しかし、彼はすぐにアルゴスに呼び戻され、パパフレッサとともにコロコトロニアンに対する新たな作戦に着手しました。
総督たちはアルカディアとメッシニアの地域を破って略奪した。マクリギアニスは回想録の中で、略奪を実行した無秩序な部下たちに自分の権威を押し付けることができなかったと主張している。 トリポリツァのカリヴィアで、マクリジャンニの部下がモリアの長老の息子パノス・コロコトロニスを殺害しました。
内戦を通じて、マクリギアニス氏は、クントリオティス政府がペロポネソス人と戦うためにルーメリオティス軍に贅沢な金を支払ったと報告している。このお金は悪名高い英国の融資から来ており、祖国の自由のために使われる代わりに、政治的問題への対処に費やされた。政権に反対する人たちです。
1824年11月、マクリギアニスはグーラや他の族長たちにペロポネソス半島に来て戦うよう説得するために政府特使としてアテネに派遣された。マクリギアニスはナフプリオンの守備隊司令官に任命され、この立場でコリント地域での軍との戦いに参加した。 政府関係者が勝利し、 グーラスは信じられないほどの略奪を行ったのです。 同時に、カライスカキス指揮下の他の政府軍がエギオン地域を略奪した。その後、マクリギアニスは内戦によって引き起こされた被害を理解し始め、「神よ、早死にするのではなく自分たちを救うための知識と美徳を私たちに与えてください！」と叫びました。
彼自身が書いているように、彼らの部下（約350人）に略奪を禁じた。しかし、グラスが民に対して行ったことを見て、彼らはマクリギアニスに従うのをやめ、同じ戦術に従った。 彼らが去ったすべての村のうち、家の壁だけが残った ！マクリギアニスは盗みと略奪を行った兵士4人を厳しく処罰することを余儀なくされた。しかし、この罰は大海の一滴でした。
内戦によって引き起こされた荒廃と憎しみは、革命の結果に壊滅的な影響を与えるところだった。 残念ながら、私たちギリシャ人は失敗から学ばないのです。 この状況に完全にうんざりしたマクリギアニスはナフプリオンに戻った。そこでマクリジャンニスは政権に出頭し、内戦へのさらなる関与を否定した。
「私は政府に対し、自分は内戦中であり、法を犯している、だまされてはいない、と政府に言い、トルコ人のために戦うためにロメリに行くよう命令を下してほしいと頼んだ。私の体を解散するか別の体を送り込むかのどちらかを選択し、そして私は一市民として座っていますが、内戦の命令には耳を傾けません」と彼は言います。
それにもかかわらず、彼はアルカディアに行くように命じられました。その間にイブラヒムはペロポネソス半島に上陸した。クントリオティス率いるギリシャ軍はクレミディの戦いでイブラヒムに完敗した。その後、エジプトの将軍はナバリノの要塞を包囲しました。マクリギアニスはこの時期、アルカディアにいた。何が起こっているのかを知ると、彼は部下たちと戦おうとした。しかし、その地域の政府首脳たちは安全を懸念して彼を行かせなかった。しかし、部下たちもあまり熱意を示さなかった。 「彼らの半分は私に賛成して、行こう、半分は向き直った、そして政府は私たちをアラブ人のために任命したのではなく、アルカディアのために私たちを任命した、と彼らは言いました。」
最後に、マクリギアニスは部下の一部とともにナバリノに行き、ネオカストロ城を占領したイブラヒムと数日間戦い、条約によって城を降伏させ、生き残った兵士たちとともにイギリスの船でカラマタに向かった。彼はカラマタの近くで、マニアキで運命に出会う途中だったパパフレッサに最後に会ったのです。 彼はマクリギアニスに自分について来るように言いました。しかし、後者は部下が武器を持たず、多くが負傷していたため拒否した。
マクリギアニスは部下とともにトリポリツァに到着した。しかしそこで彼は部下たちの反乱に直面しなければならず、 彼らは賃金とネオカストロに残さざるを得なかった貴重な武器の補償を要求した。 。マクリギアニス氏は自費でそれらを支払った。この後、彼はナフプリオへ向かったが、政府はイブラヒムの迫りくる軍団から街を守るためにトリポリツァに戻るよう命じた。しかし、トリポリツァに向かう途中で、彼はその都市がすでに征服されていることを知りました。