しかし、ドイツ軍が何の抵抗にも遭わず、戦わずして進軍したと考えるのは間違いである。それどころか、ソ連軍は激しく抵抗しましたが、継続的かつ強固な防衛戦線を構築することはできませんでした。
ラトビアの工業都市であり軍港であるリバヴァ（リエパイア）の守備陣は、たとえば戦争の歴史に輝かしい１ページを刻んだ。急いで武装した労働者の部隊と分遣隊は市内で10日間持ちこたえた。彼らは海兵隊、戦車、砲兵、空軍の部隊の支援を受けてドイツ第291歩兵師団を阻止し、バルト海沿岸でのドイツの攻撃計画を阻止した。
ミンスクに対するドイツ軍の主な攻撃のルートを指揮していたブレスト要塞（ブレスト・リトフスク）の防衛は、ついに伝説となった。戦争の二日目から、ドイツ国防軍最高司令部（O.K.W.）はブレストの占領を発表した。しかし、少数の異なる部隊と国境警備隊の分遣隊で構成された守備隊は、古い城塞に囲まれ、ドイツ第45歩兵師団の強力な攻撃を一ヶ月にわたって撃退し、大きな損害を与えた。城塞の地下室や地下回廊など、地上と地下で生死を賭けた闘争が繰り広げられた。戦いは、水、物資、弾薬が尽きて負傷した将校と兵士の小グループだけが残るまで終わらなかった。
リヴォフ西、前線の南側に位置するペレミチュル（プシェミシル）の町の守備隊も英雄的に戦った。敵は6月22日に市内に侵入したが、翌日ソ連軍部隊によって追い出されたが、発生した不利な状況のため、最高司令部の命令により6月29日にようやく撤退した。
ソ連の国境警備隊は無価値ではなかった。ドイツ軍は特定の陣地を獲得するために数日間戦わなければならなかった。たとえば、ウラジーミル・ヴォリンスキーは11日間持ちこたえ、守備隊が全員倒れたときに初めて敵の手に落ちた。
防御に留まることに満足せず、ロシア軍は強力に攻撃した。このようにして、ルーツク・ブロディ・ロヴノ地域で大規模な戦車戦が行われ、この部門の指揮官は4つの機械化軍団の部隊を編成して反撃を開始した。これらの部隊は依然として古い T-26 戦車と BT-5 戦車を装備しており、規制装備の 3 分の 1 しか持っていないにもかかわらず、敵の攻撃を数日間遅らせました。
それにもかかわらず、ドイツ国防軍は引き続き攻撃を続けました。前進し、ラトビア、リトアニア、ベラルーシ、ウクライナの大部分、モルドバからなる広大な領土を非常に迅速に征服することができました。赤軍の成功を過大評価し、赤軍の戦力を過小評価していたドイツ軍司令部は、勝利は近いと確信していた。 7月3日、ハルダー参謀総長は日記に次のように書いている。「…ロシア戦線は14日間で勝利したと言っても過言ではない。 »