インドでは選挙で選ばれた立法議会が存在しなかったため、制憲議会は「議会」と「制憲議会」という二重の役割を担うことになりました。分離独立前のインドで暫定政府として機能していた組織をもとに、マウントバッテン卿は2つの「代替政府」を創設しました。これは、8月15日に誕生する両国の行政を引き継ぐために設けられたものです。憲法制定の作業は、1935年のインド統治法の改正を土台として進められ、インドでは1947年から1950年まで、パキスタンでは1947年から1956年までの歳月を要しました。
インド軍の分割
イギリス支配期のインド軍は、世界最大級の軍隊の一つでした。第一次・第二次世界大戦のみならず、中国での戦争や義和団の乱などにも出動していた実績を持っています。しかし、戦争によって財政が疲弊したイギリス政府は、終戦後のインド軍に大幅な削減を実施しました。
その結果、1947年の分離独立の時点で、ヒンドゥー教徒、イスラム教徒、シーク教徒、キリスト教徒、グルカ兵、アングロ・インド人、先住民（アーディヴァーシー）などあらゆる出自の将兵の数は、わずか約120万人にまで減少していました。そしてこの軍隊も、二つの国の間で分割されることになったのです。
ヒンドゥー教徒、シーク教徒、キリスト教徒の兵士にとって、どちらの国を選ぶかは比較的簡単でした。ジンナーのパキスタンには彼らの居場所がなかったため、インドに残ればよいだけだったからです。しかし、この決断はイスラム教徒の兵士にとって胸を裂かれるようなものでした。愛国心に燃え、インドを自分たちの祖国とみなし、この国のために生き、死ぬことを誓ってきた数千人のイスラム教徒兵士が、一部の指導者の強い要請により、自らの祖国を去る決断を迫られたのです。それがどんなに容易いことであったでしょうか！
こうした中、大多数のイスラム教徒兵士は傷ついた心を抱えたままパキスタンへ向かうことに同意しましたが、一方で多くのイスラム教徒兵士はインドに残る意志を固く表明しました。母なるインドは、こうした兵士たちを我が子として受け入れ、温かく抱きしめたのです。イスラムの名の下に恐怖と狂気を煽ったムハンマド・アリー・ジンナーとその支持者たちにとって、それは痛烈な敗北と言えるでしょう。
パンジャーブ境界パンジャーブ境界軍の編成
分離独立に先立って、政府はパンジャーブ境界軍（Punjab Boundary Force）を創設しました。発布された命令書には、次のように記されていました。パンジャーブ地方の平和を維持するため、両政府は1947年8月1日から特別な軍事指揮部を設立し、シアルコート、グジュランワーラー、シェイクープラ、ライヤールプル、モントゴメリー、ラホール、アムリットサル、グルダースプル、ホーシヤールプル、ジャランダル、フィーローズプル、ルディアーナーの各県で活動させる、と。
両政府の合意により、軍事司令官にはリーズ少将が任命されました。インド側の顧問にはディガンバル・シング准将、パキスタン側の顧問にはアユーブ・カーン大佐が就任しています。8月15日以降、これらの地域における両新政府の軍隊はリーズ少将の指揮下に置かれ、最高司令官および合同安全保障評議会を通じて両政府に対して責任を負う仕組みとなりました。
また、必要と判断された場合には、ベンガルにおいても同様の組織を創設することを両政府は辞さないとしていました。パンジャーブ境界軍には5万人の兵士が配属されました。その大部分は第4インド師団の出身者で、第二次世界大戦中にエリトリア、西部砂漠（北アフリカ戦線）、エル・アラメイン、モンテ・カッシーノ、イタリア東アフリカ、イタリア本土など各地を転戦した歴戦の精鋭たちでした。
職員向け特別列車
政府高官、軍幹部、使用人、料理人、事務官などの公務員たちは、所定の用紙に記入する形で、インド政府に残るか、パキスタン政府へ移るかを選択することが求められました。鉄道当局は、パキスタンへ移る職員とその同行書類を輸送するため、1947年8月3日からデリーとカラチの間で特別列車を運行させました。この列車は帰路、パキスタンからインドへ移る職員を乗せて戻ることになっていました。
ところが当時、列車はすでに恐るべき宗教対立による暴動の渦中に巻き込まれていました。そのため有力紙『ステーツマン』は、一般の人々にはこれらの列車を利用しないよう呼びかけました。同紙は職員専用列車であれば安全であると期待していましたが、その予想に反して、パキスタンからインドへ向かう職員を乗せた列車までもが、共同体間の襲撃に巻き込まれる悲劇に見舞われることとなったのです。