フェニキアの宗教に関する史料は複数存在し、さまざまな都市からもたらされています。フェニキア宗教の研究には、大きく分けて二つの資料群があります。
第一に、ウガリット文書から得られる資料群です。これらはフェニキア時代以前の叙事詩・神話詩について伝えています。ウガリットの宗教は西方セム系、すなわちカナン系の宗教と定義され、青銅器時代から鉄器時代への移行期において、他のセム諸民族に多大な影響を与えたと考えられています。
第二の重要な史料は、ベリトス（ビュブロス）のフェニキア人祭司サンクニアトンの著作です。彼は紀元前12世紀頃、その著書の中でフェニキア人独自の世界創造観を記述しました。
ただしこれら二つの資料群には問題点があります。年代的に大きく隔たった時代に対応しているため、宗教像に関して互いにかなり異なる視点を提示するのです。
フェニキアの宗教性を復元するための資料は、一見豊富に見えますが、実際には限られています。神々の名称や概念については情報が得られますが、礼拝の形式、祈り、神殿、神話についてはほとんど知られていません。フェニキア人が東西文明の架け橋であったことを考えると、フェニキアこそがカルタゴのパンテオン（神々の体系）の起源であり、カルタゴを通じて東方の宗教思想が西方へ伝わったことは明らかです。
フェニキアの宗教の第一の特徴として挙げられるのは、その均質性の欠如です。これはおそらく、エジプト、リビア、メソポタミアといったアフリカおよび東方の諸文化からの影響と寄与が数多くあったことによるものでしょう。
神々
フェニキアの地理的・政治的な分裂は、その宗教にも反映されています。そこには次のような本質的な特徴が見られます。
- 原始の歴史時代にまで遡る要素が連続的に受け継がれていること。
- 神々の名称とその機能が広範に普及していること。各神に帰せられる役割は、それぞれの都市での崇拝のされ方に応じて異なる。
ビュブロス
最初の偉大なフェニキア都市はビュブロスで、紀元前3千年紀にはすでに知られていました。ラシャプ（Rashap）（ヘブライ語発音ではレシェフ）の神殿は紀元前2千年紀から知られ、中庭に数多くのオベリスクが立っていたことから「オベリスクの神殿」とも呼ばれています。
ビュブロスの至高の女神はバアラト・グバル（Ba'alat Gubal）で、その名は「ビュブロスの女主人」を意味します。彼女はこの都市の主女神であり、シュメールのイナンナ、バビロニアとアッシリアのイシュタル、そしてエジプトのイシスと同一視されました。その名はウガリットにも現れており、カナン語では「慈悲深き者」という称号でも呼ばれました。
ビュブロスにおける彼女の最重要の役割は、大地の豊穣、すなわち農業の女神、さらには人間の生殖をつかさどる女神でした。
ビュブロス歴代の王たちによるバアラト・グバルへの祈願は絶えず繰り返されました。彼女の図像はエジプトのハトホル＝イシスと高い類似性を示しています。
ときにバアラト・グバルの信仰にはバアル（Ba'al）が随伴しました。紀元前10世紀の碑文では、一度だけバアル・シャメン（天の主）およびビュブロスの聖なる神々の会議と結びつけられています。
しかし、現存する資料から、ビュブロスでエルあるいはバアル・シャメン、ビュブロスのバアラト、そして若い神アドニスから成る三神一组（トリアード）が体系的に祀られていたと断定することはできません。フェニキア諸都市全般で三神一组の崇拝が制度化されていたわけではありませんが、一部の都市では散発的に見られます。
シドン
シドンの女神はアシュタルト（Astarte）です。彼女はこの都市で祭司たちとともに神殿に住まい、王たちから崇敬を受けていました。王たちは王号の中で自らを「女神アスタルテの祭司」と称しています。アスタルテはビュブロスのバアラトに対応する女神であり、豊穣の女神でもあり、後にギリシアのアプロディーテと同一視されるようになりました。
シドンの偉大な神はエシュムン（Eshmun）でした。先述の神々とは異なり、それ以前の時代には知られておらず、初めて文献に現れるのは紀元前6世紀のことです。常に「聖なる君侯」と呼ばれ（アッシリアのアサルハドンとティルス市との間で神殿建設をめぐる条約が結ばれた際に初めて言及されます）、その正体の特定も確定的ではありません。一種のアスクレピオスに相当する可能性があり、生命と死の自然の循環にも関わりますが、その主な機能は治癒の神であったようです。
ティルス
ティルスの祭祀については、ごくわずかな情報しか残っていません。メルカルト（Melkart／Melqart）はこの都市の主神で、その名の語源は「都市の王」を意味します。
マルタ島出土のギリシア語・フェニキア語バイリンガルの奉納碑文では、彼はバアル・ツォール（Ba'al Sor）、すなわち「ティルスの主」と呼ばれ、ギリシア語の碑文では「創始者ヘラクレス（Herakles Arkhégètés）」の名で記されています。その性格と機能はアドニスやエシュムンと類似しており、春に神の復活を祝う祭りの存在を示す証拠さえ残っています。
メルカルトの重要性は絶大で、アレクサンドロス大王自身が彼の神殿に赴いて犠牲を捧げたほどでした。
メルカルトはティルスにおいて、女神アスタルテ、アナト、エシュムン、さらにバアル・シャメン（天の主）やバアル・サポン（サポン山の主）など、バアルの様々な形態とともに祀られていました。サポン山はウガリット文書にも言及される聖なる山です。
フェニキア人の海外拡張の時代になると、この民族は接触した諸文化から宗教的要素を取り入れる一方で、フェニキアの神々への信仰も広めていきました。そして最終的には、同じ神々が異なる名前のもとで、古典古代世界の隅々で崇拝されることとなったのです。
神殿と聖域
最古のフェニキアの礼拝場所はビュブロスとウガリットで確認されており、中期青銅器時代にさかのぼります。その形態は三種類あります。閉鎖された囲い地、野外の礼拝堂、そして高地（bamah）、すなわち山上の祭壇です。旧約聖書はこうした高地の祭壇に幾度も言及しており、フェニキアの貨幣にもその姿が描かれることがあります。
たとえば紀元前3世紀のビュブロスの貨幣には、囲い地に収められたピラミッド状のオベリスクが表現されています。一方、西方の植民地では、神殿は平地、港湾の近く、あるいは山の上に設けられることもありました。
トーフェット（tophet）は、すでにポエニ時代から人身供養が行われた場所です。最も有名なのはカルタゴのサランボの丘にあるタニトのトーフェットで、12歳までの焼かれた子どもの遺骨を納めた多数の壺が発見されています。ただし最も多いのは2歳未満の子どもと胎児の遺骨です（この種の犠牲、molkと呼ばれる儀礼については、今日でも多くの学説があります）。
こうした人身供養はフェニキアの宗教で実際に行われていましたが、早くも子どもを子羊に置き換える傾向が現れました。それは旧約聖書のイサクの献身の物語にも反映されています。カルタゴ時代には、この種の犠牲は都市にとって特に危機的な事態、すなわち神々からのより強力な加護が必要とされる場面に限って執り行われていたようです。
アイスフェルト（Eissfeldt）の研究によれば、子どもが焼かれるために捧げられた恐るべきポエニの神モロク（Moloch）の名は、実はMOLCHOMORという語の誤読に由来します。これは犠牲molkに子羊（lamb）を意味する語が続いたもので、「モルコモル」という言葉は本来「子羊の犠牲」を意味していたのです。
祭司職は同じ家系の数世代にわたって世襲され、女祭司も同様でした。祭祀に仕える者としては、書記、音楽家、聖なる理髪師のほか、これら豊穣の神々への宗教的奉納として神聖な売春に従事する少年少女たちもおり、彼らは同じ神殿の部屋でその務めを果たしていました。
葬送習俗
埋葬の方法としては土葬が最も一般的でしたが、特に最古の時代には火葬も用いられました。およそ紀元前18世紀から前12世紀にかけて、モヤ（Moyta）で見られるように、この時期に属する最古の墓は火葬墓です。墓の大多数は岩盤を穿った竪穴墓で、岩盤のない土地では地面に墓坑を掘りました。
フェニキア人はまた、一体成形の擬人形石棺（アントロポイド棺）を使用しましたが、複数の部材から構成される場合もありました。装飾を施した石棺は富裕な市民層の存在を示しています。墓には副葬品（古い墓ほど豊富）が納められ、陶器、飲食物を入れた金属容器、木製・象牙製・ガラス製の小容器、香料、化粧品、櫛、小さじ、ナイフなどが含まれていました。
さらに、宝石、針、壺形のガラス器、ダチョウの卵も墓から出土しています。後者は内側がオーカー（赤色顔料）で装飾・彩画されており、おそらく生命ないし再生の象徴だったのでしょう。赤は血の色であり、ひいては生命の色だからです。