植民地農業は、生み出される収入と雇用人口の両面において、植民地経済の中核を担う主要な活動であり、富の基盤でした。征服初期の段階では、農業生産の大部分は先住民の伝統的な技術と組織原理に従って行われていました。農業はきわめて多様な活動であり、地域ごとの差異が大きく、幅広い社会階層を巻き込むものでした。
そのため、現地の生産物は、ヨーロッパ人がもたらした産物――ブドウ、穀物、オリーブ、藍、砂糖など――と区別して考える必要があります。アメリカ原産の産物には、先住民の食料需要を支える作物（トウモロコシ、ジャガイモ、豆類など）と、その覚醒作用ゆえに植民地体制の中で特別な役割を果たした植物――コカ、マテ茶、マグエイ（プルケの原料）――がありました。後者は教会をはじめとする社会勢力から「悪徳」と断罪され、タバコと同じ扱いを受けました。
このほかにも成功を収めたアメリカ産品があります。メキシコ南部や中央アメリカで生産されたココア、あるいはメキシコ・オアハカの先住民共同体が手掛けた染料コチニール（臙脂）などです。ただし、これらはスペイン人のアシエンダでは生産されていませんでした。最初の純然たるスペイン式農業企業は砂糖生産でした。1515年頃からサントドミンゴで頭角を現しましたが、現地労働力の喪失により、アフリカ人奴隷の労働に頼らざるを得ませんでした。
植民地農業における土地分配の形態
植民地農業の重要性はスペイン王室にも認識されており、王室は当初から、特に土地分配の面で封建的モデルをアメリカに持ち込まないよう努めました。この意向は、1523年のカルロス1世によるエルナン・コルテス宛ての指示に明確に反映されています。国王は、大地主や荘園主になろうと目論む征服者たちに対抗しうる、自作農の層を育成しようとしていたのです。
しかし現実には、王室はアシエンダや牧場といった大規模財産の形成を阻止できませんでした。多くの地主が副王、オイドール（高等裁判官）、コレヒドールなどの植民地官僚の出身者だったためです。一方で、一部のエンコミエンデーロは農業経営者へと転身することに成功しました。
アシエンダと大土地所有の起源は今なお未解決の問題ですが、近年の研究では、それらがエンコミエンダに直接由来するものではないと指摘されています。ボラーとシュヴァリエによれば、その成立と発展は、少なくともヌエバ・エスパーニャ（新スペイン）においては、17世紀の人口的・経済的低迷期と重なっていました。
とはいえ、すべての農業経営が大規模なアシエンダだったわけではありません。中小規模の経営も存在し、たとえば牧畜場（ランチョ）は、メキシコの一部地域では植民地社会の典型的な小規模財産でした。また「ラ・ラボル」と呼ばれる小規模経営もあり、その規模は耕作地にして1〜4カバジェリア程度で変動しました。
植民地農業の組織
外部需要に向かった植民地農業、すなわち基本的にはプランテーション農業は、内部需要に向かった農業とは区別できます。後者には、鉱山都市への供給を目的とした農業活動と、先住民共同体を中心とした自給的生産の双方が含まれていました。多くの地域で最良の土地は先住民側が保有しており、その支配を狙うスペイン人地主との間に対立が生じました。
アシエンダとプランテーションを定義する際には、大土地所有との比較ではなく、組織的・生産的な基準から出発するエリック・ウルフとシドニー・ミンツの枠組みに従います。
アシエンダ
アシエンダとは、権力への志向とわずかな資本を持つ所有者の農村財産であり、従属的な労働力によって生産単位を運営し、その生産物は限られた市場に向けられました。アシエンダは資本の蓄積と地主の社会的地位の確立を可能にしました。ただし、収益性を基準に運営されていた修道会、とりわけイエズス会の農場には、この性格は当てはまりません。
プランテーション
プランテーションは、大規模市場と結びついた生産単位であり、多額の資本投下を伴いました。ただし、この定義は図式的であるため注意が必要です。ペルー北海岸の農場のように、重要な市場へ生産を向けていた中間的な事例も存在するからです。
土地の立地条件
数千ヘクタールに及ぶ大土地所有の形成は、辺境地域において比較的容易でした。こうした地域では土地をめぐる競争圧力が弱く、当局の統制も緩かったためです。対象となる土地は必ずしも肥沃とは限らず、人口密度の低い地域に位置し、労働力や水へのアクセスが限られるケースも少なくありませんでした。
労働者の類型
先住民人口の少ない地域に位置するアシエンダでは、賃金労働と黒人奴隷労働が中心となりました。賃金労働者の中では、使用人や牧夫のほか、大工や靴職人といった職人たちが目立ちました。さらに、より高い所得水準にあった執事（マヨルドモ）や管理人の存在も見逃せません。奴隷労働については、地理的条件や生産物の種類（砂糖など）に応じて、特定のアシエンダで採用されました。
アシエンダとラティフンディオの収益構造
耕地のごく一部しか利用しなかった農場の低い生産性は、限定的な経営手法、低い技術水準、そして少額の資本投資と密接に関わる問題でした。ラティフンディオ（大土地所有）の収入は決して低くなかったにもかかわらず、所有者たちは生産への再投資よりも贅沢品の購入を優先しがちでした。
また、機会があるごとに地主たちは、自らの領地内に製粉所を建設することで収入を増やしました。製粉のためにその施設を利用せざるを得ない農民の収穫の一部を取り立てることができたからです。