場合によっては、ピューリタンとネイティブアメリカンは平和に暮らし、互いに協力することさえできました。たとえば、ワンパノアグ族はピルグリムたちがアメリカでの最初の冬を乗り切るのを助け、清教徒とピクォート族は 1638 年に数十年間続く平和条約に署名しました。しかし、これらの平和な時期は長くは続かず、ピューリタンとネイティブアメリカンの間の紛争は常に脅威でした。
清教徒とアメリカ先住民の間の最も重要な紛争の 1 つは、1637 年に起こったピクォート戦争です。この戦争は、ピクォート族がコネチカット州のイギリス人入植者のグループを攻撃したことで始まりました。清教徒は軍事作戦でこれに対抗し、ピクォート族はほぼ全滅する結果となった。この戦争は、今後何年も続く暴力と紛争のパターンを設定しました。
17 世紀、ピューリタンはネイティブ アメリカンをキリスト教に改宗させるために、彼らの間に多くの伝道所を設立しました。これらの任務は失敗することが多く、時には紛争や暴力につながることもありました。 18 世紀になると、ピューリタンはネイティブ アメリカンに対してより融和的なアプローチを採用し始め、土地と自治権に対する彼らの権利を認め始めました。しかし、この政策変更は容易ではなく、アメリカ先住民に対して依然として根深い偏見を抱いている多くの清教徒によってしばしば抵抗されました。
ピューリタンとネイティブアメリカンの関係は複雑で進化し続けていました。それは対立と暴力を特徴とする関係でしたが、協力と相互尊重を特徴とする関係でもありました。ピューリタンとネイティブアメリカンはお互いから多くのことを学び、どちらもアメリカの歴史に永続的な遺産を残しました。