オニャーテはメキシコのサカテカスで裕福な鉱山王の息子として生まれました。彼はメキシコ大学で学び、スペイン軍で軍大尉を務めました。 1595年、彼はメキシコ副王ルイス・デ・ベラスコによってニューメキシコ州知事に任命された。
オニャーテは、1598 年に兵士、入植者、宣教師を含む 400 人以上の遠征隊を率いてニューメキシコへ向かいました。彼はこの地域に最初のスペイン人入植地であるサン ファン プエブロを設立し、サン ガブリエルに首都を設立しました。オニャーテはまた、リオグランデ渓谷とその周辺地域を探検し、アメリカ先住民のいくつかの部族と接触しました。
ニューメキシコにおけるオニャーテの統治は、紛争と成功の両方によって特徴付けられました。彼は残酷さと暴力で有名で、アメリカ先住民を虐待したとして告発されました。しかし、彼はまた、いくつかの定住地を設立し、この地域におけるスペイン人の永続的な存在を確立しました。
1614年、オニャテはアメリカ先住民や入植者から彼の行動について多くの苦情を受けた後、総督によってメキシコに呼び戻された。彼は1620年にスペインに戻り、1626年にマドリッドで貧困の中で亡くなった。