エンコミエンダを所有するスペインの地主であるエンコメンデロスは、自分たちの土地に住む先住民族に貢物と労働力を要求する権利を持っていました。インド人は、畑や鉱山、その他の産業で、しばしば過酷で危険な条件下で長時間労働を強いられました。彼らは労働の対価としてほとんど、あるいはまったく支払われず、しばしば身体的虐待や屈辱にさらされました。
エンコミエンダに住むインディアンは、肉体的な苦難に加えて、文化的、宗教的抑圧にもさらされました。彼らはキリスト教に改宗し、伝統的な信仰や習慣を放棄することを余儀なくされました。宣教師は、土着の宗教や言語を抑圧するために、しばしば強制と暴力を使用しました。
エンコミエンダ制度はスペイン入植者にとって主要な富の源であったが、先住民にとっては多大な犠牲を強いられた。過酷な環境と強制労働により先住民人口は激減し、多くのコミュニティが病気、飢餓、暴力によって破壊されました。
エンコミエンダ制度は 18 世紀に最終的に廃止されましたが、その遺産は今日でもラテンアメリカの先住民の生活を形作り続けています。エンコミエンダ期間中に先住民族が経験した搾取と抑圧は、彼らのコミュニティに永続的な影響を残し、社会正義と文化的認知を求める闘争は今日まで続いています。