ハトシェプスト女王の父親は、紀元前 1525 年頃から 1512 年頃まで統治したファラオ、トトメス 1 世でした。トトメス1世にはアフメスとムトノフレットという2人の妻がいました。ハトシェプスト女王はトトメス1世とアフメースの間に生まれた2番目の子供であり一人娘でした。
トトメス1世には2番目の妻ムトノフレットとの間にトトメス2世という息子がいました。トトメス2世は父の後を継いでファラオとなり、約13年間統治した。彼はハトシェプスト女王の異母妹、トトメス３世の母であるアメンホテプ２世と結婚し、トトメス３世は最終的にハトシェプスト女王の共同摂政となり、最終的な後継者となった。
ハトシェプストには両親からも次のような兄弟が何人かいた。
- ワジモセ、トトメス1世とアフモセの長男
- アメンホテプ1世、若くして亡くなり、ファラオになることはなかった
- 偉大な王室の妻となったアフメス・メリタムン
- 偉大な王室の妻にもなったシタムン
- イネニ、アメンの大祭司でハトシェプスト女王の宮廷の影響力のある人物
ハトシェプスト女王の家系図は、彼女の権力の台頭と治世中の政治的駆け引きを理解する上で重要です。王室のさまざまなメンバーとのつながりにより、彼女は支持を確保し、男性優位の社会においてファラオとしての地位を正当化することができました。