魔術はまた、キリスト教会の教えに反する教義を信じる異端と関連付けられていました。これは、魔術に関連する信念や実践の多くがキリスト教の教えと矛盾すると見なされていたためです。たとえば、魔女は悪魔を崇拝しているとよく信じられていましたが、それは偶像崇拝の一形態と見なされていました。
魔術の信仰は 1500 年代から 1600 年代に広まり、多くの罪のない人々が迫害されました。場合によっては、単に他の人と異なるというだけの理由で、人々が魔術の疑いで告発されることがありました。たとえば、ヒーラーや薬草医である女性は、貧しい人や社会から疎外された人々と同様に、魔女であると非難されることがよくありました。
魔女の迫害は 1600 年代後半にピークに達し、ヨーロッパでいくつかの大規模な魔女裁判が行われました。これらの裁判では数千人が処刑され、そのほとんどが女性でした。 1692 年から 1693 年にかけてマサチューセッツ州で行われたセイラム魔女裁判は、これらの裁判の最も有名な例の 1 つです。
自然現象に対するより科学的な説明が登場するにつれて、18 世紀には魔術への信仰は徐々に衰退していきました。しかし、世界の一部地域では魔女への迫害は20世紀に至るまで続いた。