10歳での即位と母后の後見政治
シャルル9世（1550年–1574年）は、兄フランソワ2世の急死を受けて、わずか10歳でフランス王位に就きました。1560年の即位当初、母后カトリーヌ・ド・メディシスと宰相ミシェル・ド・ロピタルによって三部会が召集され、幼い国王の後見のもとで国政が運営されました。彼らはプロテスタント（ユグノー）への融和政策を推進し、宗教対立の沈静化を図りましたが、この試みは最終的に失敗に終わります。
宗教的緊張の再燃と聖バルテルミーの虐殺
転機となったのは、妹マルグリット・ド・ヴァロワとナバラ王アンリ（後のアンリ4世）との結婚でした。この婚礼を機に国内の宗教的緊張は一気に再燃します。そして1572年8月23日から24日にかけての夜、シャルル9世はプロテスタント指導者たちの暗殺を命じました。これが歴史に名高い「聖バルテルミーの虐殺」です。暴力はパリにとどまらず地方都市へも波及し、数千人規模の犠牲者が出たと伝えられています。
宮廷内での孤立深まる国王
虐殺以降、シャルル9世の立場は急速に弱まり、周囲から孤立していきました。アントンダン（王領管理人）兼王国中将を務めていた弟アンジュー公アンリ（後のアンリ3世）はカトリック派の支柱として台頭し、一方でもう一人の弟アランソン公フランソワはプロテスタント貴族と通じて陰謀を企てるなど、王家そのものが分裂状態にありました。
病弱な晩年と23歳での死
生来病弱だったシャルル9世は、1574年、23歳という若さで結核のためこの世を去りました。なお、稀な「血汗症（ヘマチドローシス）」——血の混じった汗を流す症状——にかかったとも言われています。1570年にオーストリア皇女エリザベートと結婚していましたが、男子の後継者には恵まれませんでした。
こうしてフランス王位は、弟であるアンジュー公アンリへと受け継がれることになります。