1555 年、クランマーは異端と反逆罪で裁判にかけられました。圧力を受けてプロテスタントの信仰を撤回したにもかかわらず、有罪判決を受け、死刑を宣告された。 1556年3月21日、彼はオックスフォードのベリオール大学の外で火刑に処せられた。
クランマーの処刑は劇的な出来事によって特徴づけられた。炎が彼を飲み込むと、クランマーは右手を火の中に突っ込み、「この手が気分を害した」と宣言した。彼は以前にプロテスタントの信仰を放棄する文書に署名しており、この行為はそうしてしまったという彼の深い後悔を象徴していた。
トーマス・クランマーの死は、イギリスの宗教改革の歴史における転換点でした。彼の殉教は多くのプロテスタントにインスピレーションを与え、迫害に直面した彼らの決意を強めるのに役立ちました。クランマーは、確実な死に直面しても、信念を貫いた揺るぎない取り組みにより、英国宗教改革で最も影響力のある人物の一人としての地位を確保しました。