以下に、既知のことと提案されているさまざまな理論の概要を示します。
1. パニックによる放棄 :一説によると、乗組員はおそらく恐怖や迷信によってパニック状態に陥って船を放棄したのではないかと考えられています。超自然現象を目撃したか、自然現象を脅威と間違えたため、必需品の回収や船の確保を待たずに急いで出発したのではないかと推測する人もいる。
2. 急病 :別の仮説は、乗組員が食中毒やウイルス感染症などの突然の伝染病の犠牲になったというものです。病気により乗組員のほとんどまたは全員が無力になった場合、船を制御したり救難信号を送信したりすることができないことの説明がつく可能性があります。
3. 反乱または不正行為 :乗組員が船長に対して反乱を起こしたか、密航者や他の乗客による反則行為に遭ったのではないかと考える人もいます。しかし、船内には衝突や闘争の痕跡はなく、貴重品や所持品はそのまま放置されていた。
4. 天候または自然災害 :嵐や荒波などの厳しい気象現象により、乗組員が損傷したり方向感覚を失ったりして、船を放棄した可能性もあります。しかし、メアリー・セレステ号は帆に表面的な損傷しかなく、良好な状態で発見され、天候が重大な要因ではなかったことを示しています。
5. 保険詐欺または陰謀 :より推測的な理論では、失踪は手の込んだ保険詐欺、海賊行為、または計画が失敗したことの一部であることが示唆されています。ただし、これらの理論を裏付ける実質的な証拠はありません。
数多くの調査、歴史的記述、推測的な仮説にもかかわらず、メアリー・セレステ号の乗組員に何が起こったのかについての決定的な答えは深海の中で失われたままで、船員とミステリー愛好家の両方の想像力を悩ませています。