いいえ、コンフェデレート（Confederate）はヤンキース（Yankees）の別名ではありません。この二つの言葉は、どちらもアメリカの歴史に関わる用語ですが、まったく異なる対象を指しています。
コンフェデレートとは何か
「コンフェデレート」は、アメリカ連合国（南部連合）を指す言葉です。1861年、奴隷制をめぐる対立などを背景に、11の南部諸州がアメリカ合衆国から脱退して成立しました。この分裂が南北戦争（アメリカ内戦）の引き金となり、1865年の戦争終結まで続きました。
そのため「コンフェデレート」という言葉は、歴史的には南部連合の軍隊・政府・支持者を表すものとして使われ、今日でも南部の文化や歴史を語る際に登場します。
ヤンキースとは何か
一方、「ヤンキース」は、アメリカ北部諸州の人々、特にニューイングランド地方の出身者を指す呼び方です。南北戦争の時代には、南部側から北部の人々を指す言葉として広く使われました。
この呼称は日常的・口語的な場面で使われることが多く、文脈によってはやや揶揄的あるいは侮蔑的なニュアンスを含むこともあります。ただし現代では、野球チームの「ニューヨーク・ヤンキース」に代表されるように、必ずしも否定的な意味だけでなく、アメリカ人全般を指す愛称として海外で使われるケースもあります。
まとめ：両者の関係性
つまり、コンフェデレート＝南部連合（南軍側）、ヤンキース＝北部の人々（北軍側）というように、両者は南北戦争において対立する陣営を指す言葉であり、同義では決してありません。むしろ歴史的には正反対の立場を表す用語だと理解すると分かりやすいでしょう。