フィリピンにおいて、スペインは反乱を鎮圧し、自国の植民地支配を確立するために軍事遠征隊を派遣することで報復を行いました。これらの遠征には先住民に対する暴力的な虐殺がしばしば伴い、その結果、何千人ものフィリピン人が命を落とすこととなりました。
さらにスペイン人は、強制労働（ポロ・イ・セルビシオ）、カトリックへの宗教改宗、そして文化的同化を柱とする統治政策を実施しました。これらの政策はフィリピン人の生活や伝統を根底から覆すものであり、現地の人々の反感と抵抗をますます強める結果につながりました。
1570年、ルソン島征服の戦役
転機となったのは1570年の出来事です。マルティン・デ・ゴイティとフアン・デ・サルセードに率いられたスペインのコンキスタドール（征服者）たちは、ルソン島征服のための戦役に乗り出し、当時交易の要衝であったマニラ周辺へ進軍しました。彼らは現地の勢力との交渉や武力衝突を経て、ついにこの地域を制圧することに成功します。
このスペインの勝利は単なる一地方の占領にとどまらず、その後300年以上にわたるスペインによるフィリピン支配の時代の幕開けを意味していました。以降、フィリピンは政治・宗教・文化のあらゆる面でスペインの影響を深く受けることになり、その遺産は今日のフィリピン社会にも色濃く残っています。