懸念の一つは、この妥協によって上院における自由国家と奴隷国家の間の力のバランスが崩れることだった。奴隷州としてミズーリ州、自由州としてメイン州が加わると、上院は両陣営で均等に分かれることになる。この問題では双方が同等の発言権を持つことになるため、これにより奴隷制関連法案の可決が困難になる可能性がある。
もう一つの懸念は、ミズーリ妥協は新たな領土への奴隷制の拡大を効果的に阻止できないということであった。この妥協案では、緯度36度30分以北の奴隷制度は禁止されたが、同線より南の領土では奴隷制の継続が認められた。これは、テキサス州や南西部など、米国が獲得した新たな地域に奴隷制度がまだ拡大する可能性があることを意味した。
最後に、一部の白人は奴隷制度が廃止されることをまったく望んでいませんでした。彼らは奴隷制度が南部経済に必要な一部分であると信じており、奴隷制を守るために戦う意欲を持っていた。これらの人々は、ミズーリ妥協を自分たちの生活様式に対する脅威とみなし、最終的には米国内のすべての奴隷の解放につながるのではないかと懸念していました。
こうした具体的な懸念に加えて、一部の白人の間では国の将来について一般的な不安や不確実性も感じられました。米国は若い国であり、そのアイデンティティと世界における役割を定義するのにまだ苦労していました。ミズーリ妥協はこの国の歴史における大きな転換点を表しており、将来がどうなるかは明らかではありませんでした。この不確実性と不安感が、多くの白人が妥協に対して感じた憤りと恐怖の一因となった。