バーゼルで結ばれた講和において、フランス総裁政府は比較的寛容な態度を示しました。その理由は、世界第三位の規模を誇るスペイン海軍を必要としていたからです。こうしてフランスは、イギリスに対抗するという伝統的な仏西同盟への回帰を選び、ここにナポレオンとの同盟関係が始まりました。これこそがサン・イルデフォンソ条約(1796年)の意義です。スペインはフランスの補助国となり、翌年には戦争への参戦を強いられることになりました。
対外の敗北と国内の不満
ヨーロッパでは、イギリス軍がサン・ビセンテ岬の海戦(1797年2月14日)でスペイン海軍に壊滅的な打撃を与えました。さらにアメリカ大陸では、オリノコ川河口に位置し、密貿易の絶好の拠点でもあったトリニダード島を占領しました。
国内情勢も決して良好とは言えませんでした。啓蒙主義的なエリート層は失望し、迫害すら感じていました。最も象徴的なのがホベジャーノスのケースです。清廉で広く尊敬を集めていた法学者だった彼は、短期間大臣を務めた後に失脚し、地方へ追放されました。一方、民衆層からはゴドイに対する執拗な敵意が噴出しました。宮廷も不満の高まりとその激しさを無視することができず、ついにゴドイを犠牲にすることを決めます。ゴドイは政府を去りましたが、それまでの数年間で蓄積された栄典や特権はすべて手元に残しました。
公式には権力の座を退いたものの、ゴドイは国王の信頼を保ち続け、国王は何事につけ彼に相談せずにはいられませんでした。当時のスペインは、イギリスの力を打倒したいという執念に取り憑かれたナポレオンのフランスを助けるという、不名誉な役割を演じているように見えました。スペインは、イギリスの同盟国であるポルトガルを威嚅するためにフランスが計画した遠征にも参加します。この際、いわゆる「オレンジ戦争」(1801年2月)において、ゴドイはスペイン軍の総司令官として指揮を執りました。
トラファルガーの悲劇
イギリスを屈服させることを決意したナポレオンは、二つの構想を描いていました。すなわち、イギリス本国への侵攻と、その通商の破壊です。この二つの計画こそ、フランスによるスペイン介入の起源となりました。スペイン政府は自国海軍をナポレオンの指揮下に置くことを余儀なくされます。カディスで合流した仏西連合艦隊は、港を出ようとしたところでイギリスのネルソン提督にトラファルガーで迎撃されました(1805年10月)。この海戦でスペインは、エンセナーダ侯爵の時代以来、多大な努力を注いできた海軍の大部分を失いました。両艦隊はもろとも粉砕されたのです。
フォンテーヌブロー条約とポルトガル分割の企み
ゴドイは、ナポレオンがイギリス製品に対して発布した大陸封鎖令をポルトガルに履行させるための新たな遠征への参加に同意しました。ナポレオンから個人的な利益がある旨をほのめかされていたこともあり、彼はむしろ積極的だったのです。実際、1807年10月、皇帝はブラガンサ家の王位継承権を剥奪すると宣言しました。ポルトガルは分割されることになり、ゴドイは「アルガルヴェ公」としてポルトガル領南部の主権を得るはずでした。フォンテーヌブロー条約(1807年10月22日)の適用により、フランス軍はポルトガルへ向けてスペイン領内の通過を開始しました。ところが、他のフランス部隊はアンダルシア方面へ向かおうとしているように見えたのです。
ゴドイはここで、ナポレオンがスペイン全土の占領を企んでいるのではないかと疑い始め、カルロス4世に首都を放棄してセビリアへ移るよう進言しました。そこから状況がさらに悪化すれば、ちょうど直前のポルトガル王室がそうしたように、スペイン王室もアメリカ大陸へ脱出できるはずだと考えたのです。
アランフエスの変とブルボン朝の崩壊
カルロス4世はゴドイの助言に従いましたが、アランフエスより先へ進むことはできませんでした。数ヶ月にわたり、ゴドイへの不満は増大し続けていたからです。彼は国民のあらゆる不幸の責任を負わされ、過剰な個人野心の持ち主と見なされていました。1807年1月には新たな栄誉が与えられていました。「スペインおよびインディアス大海軍提督」の称号、さらには王室の一員に準じる「殿下」の称号です。これらの事実は、反対派を王太子ドン・フェルナンドの周囲に結集させました。目的は、父カルロス4世に代えてフェルナンドをスペイン王位に就けることにほかなりません。最初の陰謀はエル・エスコリアルで失敗に終わりました(1807年10月)。しかし二度目の陰謀は成功し、1808年3月17日、アランフエスの変が勃発したのです。
二日後、カルロス4世はゴドイを見捨て、そのすべての称号を剥奪しましたが、群衆はなおも満足しませんでした。カルロス4世には選択の余地なく、3月19日、息子に譲位せざるを得なくなりました。フェルナンド7世は即位へと歩み出しましたが、スペイン国内に駐留するフランス軍の存在により、ナポレオンがスペイン王家を巻き込んだ危機の裁定者となりました。ナポレオンはカルロス4世父子をバイヨンヌへ呼び出し、双方の退位を強要しました。こうして彼は弟のホセ1世(ジョゼフ・ボナパルト)をスペイン王座に据えたのです。