内乱は、あらゆる時代の古代ギリシャにおいて常態ともいうべき現象でした。ミケーネの王統がギリシャ全域に覇を唱えるようになる以前、彼らはまずペロポネソス半島の、のちにはギリシャ全土の他のアカイア系諸王国と激しい戦いを繰り広げねばなりませんでした。テーバイで生まれ、ミケーネ人の国民的英雄であり、ドーリア人（ヘラクレイデス＝ヘラクレスの子孫）の祖とされるヘラクレスの神話は、この点について多くの示唆を与えてくれます。
ペロポネソス制圧――ミケーネの覇権確立
エリス王アウゲイアースの厩舎掃除（「アウゲイアースの牛小屋」）の神話は、ミケーネ人とエリスとの戦争と結びついており、その戦いはミケーネ側の勝利に終わりました。同地方の王統は倒され、国はミケーネの「保護下」に置かれることになります。
伝承によれば、勝利を記念してヘラクレスはオリンピア競技祭（オリンピックの起源）を創設したといいます。北ペロポネソスの支配を固めたミケーネ人は、次にメッセニア人へ矛先を向けました。メッセニア人は敗れ、王ネレウスは討ち死にし、末子ネストールが代わって王位に就きました。
残るはラコニアの征服のみとなりました。これはアルカディア人の協力を得て達成されます。ここでも旧来のヒッポ王家は倒され、ヘラクレスの親友テュンダレオースが新たな王として即位しました。かくして、ミケーネ王エウリュステウスの笏のもとにペロポネソス全土が服属するという事実が完成したのです。この展開は、紀元前13世紀初頭に実現したと推定されています。
古代の著述家アポロドーロスやパウサニアスは、これらの出来事について詳細に記し、それらを史実として扱っています。彼らの神話的記述が正確であるかどうかにかかわらず、重要なのは、実際に行われた戦争を描いており、ミケーネが最初のペロポネソス強国として台頭した経緯を伝えているという点です。
ライバル・テーバイとミニュアース勢力
しかし、ここからミケーネと、古来より強大なもう一つの都テーバイとの角逐が始まります。
紀元前13世紀当時、テーバイは中央ギリシャの都市連合の盟主、あるいはその中核をなす最強の都市でした。同市はおそらくミニュアース家出身の王によって統治されていました。ミニュアース人はおそらくイオニア系の種族であり、すなわちミケーネ人と民族的に近縁で、セスクロやディミニといった初期新石器文明とも結びつけられています。
イアソンが率いたアルゴ号遠征（アルゴナウタイの冒険）の指導者イアソン自身もミニュアースの出身でしたが、乗組員の多くはミケーネ人でした。ヘロドトスもアポロニオス・オブ・ロドスも、このミニュアース家に言及しています。
ヘロドトスによれば、レムノス島の住民もまたミニュアース人でした。紀元前2000年頃以降、ミニュアース家はボイオティア、マグネシアの一部、プティオティス、フォキスを支配し、その中心をボイオティアのオルコメノスに置きました。紀元前13世紀に至るまで、この国家はミケーネの覇権に対抗しうるほど強大でした。両陣営は互いに競合しながら動き、衝突は時間の問題でした。
ギリシャ史上初めて記録された戦争
この戦争こそ、ギリシャで史上初めて記録された戦争と見なされるべきものです。ホメロスは叙事詩の中で、この戦争に関わる多くの情報を伝えています。開戦の理由は、王朝的な事情と、当然ながら経済的な事情でした。
伝承によれば、直接の発端は、アルゴス王アドラストスが娘婿ポリュネイケースを助け、オイディプスの息子エテオクレスと争ったことにあります。ほぼ同じ頃、ペロポネソスでも同等に重要な出来事が進行していました。
エウリュステウスの死とアトレウスの即位
ヘラクレスの死後、ミケーネ王エウリュステウスは英雄の子孫たち（ヘラクレイデス）をペロポネソスから追放しました。彼らはヒュロスに率いられてアテナイへ亡命します。エウリュステウスがアテナイへ遠征すると、メガラ近郊でヘラクレイデスとアテナイ軍の連合軍に敗れ、命を落としました。
こうしてミケーネからペルセウスの王朝が消え、その玉座にアトレウスが即位しました（ミケーネでの破壊の痕跡から、紀元前1280年頃と推定されます）。ヘラクレイデスは最終的にテーバイへ逃れ、以来、定期的に祖先の土地への帰還を試みることになります。最初の試みでは敗北し、ヒュロスは殺されました。
彼らのさらなる南下を防ぐため、アトレウスはコリントス地峡を要塞化しました（紀元前1250年頃）。この地域で見つかったキュクロプス式巨石城壁の遺構がその証拠です。
「テーバイ攻めの七将」の遠征
ポリュネイケースがテーバイの王位を要求すると、ペロポネソス勢は待ち望んでいた好機と捉え、テーバイへ攻撃を仕掛けました。
作戦の総指揮はアルゴスのアドラストスが執り、アルカディアおよびアイトーリアの部隊も参加しました。遠征軍はテーバイ城前に到着し、要求を受け入れるよう求めましたが、提案は拒否され、戦争が始まりました。ペロポネソス軍は攻撃したものの撃退されると、テーバイ側はフォキスとオルコメノスの同盟軍の援護を得て反撃に出ます。
しかし市近くのイスメノスの丘で戦われた戦闘では、テーバイとその同盟軍は壊滅的な打撃を受け、市壁内へ退却しました。ペロポネソス軍は再び攻城するものの、またしても撃退され、指揮官のカパネウスとアンフィアラオスの二人が戦死します。続いて兄弟エテオクレスとポリュネイケースの一騎打ちが行われ、二人とも命を落とし、紛争は決着を見ませんでした。
ペロポネソス軍は無益で流血の攻撃を重ねましたが、アドラストス以外の指揮官は次々に斃れました。アドラストスは包囲を放棄してペロポネソスへ撤退します。その際、テーバイの新王クレオンが埋葬を禁じた自軍戦死者の埋葬を認めるよう、アテナイ王テセウスに働きかけました。
実際にテセウスはテーバイ人に圧力をかけ、戦死者の身柄を引き取り、手厚く葬りました。こうして「テーバイ攻めの七将」の遠征は幕を閉じ、ペロポネソス側の敗北に帰しました。ただし、その敗北は、テーバイ側にペロポネソス侵攻を試みる余裕を与えるほど決定的なものではありませんでした。
「エピゴノイ（子ら）の遠征」とミケーネの全盛期
しかしペロポネソス勢は諦めず、数年後にテーバイへの攻撃を繰り返します。今度の作戦を率いたのは、前回の遠征で戦死した指揮官たちの子息たちでした。彼らはのちにトロイア遠征にも参加することになります。「子らの遠征（エピゴノイ）」と呼ばれるこの遠征は、期待通りの結果をもたらしました。メッセニア、コリントス、メガラ、アルカディア、アルゴスの連合軍はグリサンタの戦いでテーバイを破り、市の支配権を握ったのです。
結果と「ドーリア人の降下」神話への道
ミケーネ人がこの苛烈で長期にわたる戦争に最終的に勝利したことで、アトレウスの後継者アガメムノンが南・中央・西ギリシャ全土の絶対的支配者として君臨することになりました。テーバイ敗北のもう一つの重要な帰結は、ヘラクレイデスがさらに北方へ退去したことです。
のちに、長きに及んだトロイア戦争（イリアスに歌われる戦争）によってミケーネの勢力が衰えると、ヘラクレイデスは祖国へ舞い戻ります。彼らは意図せざる形で、「ドーリア人の降下（南下）」と呼ばれる神話の成立に寄与することになったのです。