今から約500万〜600万年前、地中海はほぼ完全に干上がっていました。その原因は、ヨーロッパとアフリカを隔てるジブラルタル海峡が、地殻変動（テクトニクス）によって閉ざされたことにあります。
干上がった地中海が残した痕跡
大西洋からの海水の供給を絶たれた地中海は、蒸発による損失を河川からの流入だけで補うことができませんでした。やがて古代の海底には大量の岩塩の堆積層が形成され始めます。これらの堆積物の一部は、プレート運動によって押し上げられた結果、現在もシチリア島のメッシーナで見ることができます。
水位の低下と同時に、地中海へ注いでいた川々は、深さ1,000メートルを超えるコロラド川のグランドキャニオンにも匹敵する峡谷を刻むようになりました。また、水という重い荷重から解放された海岸や海底は、数百メートル規模のアイソスタシー（地殻均衡）による隆起を経験したと考えられています。この出来事は約596万年前に起こったと推定されています。
しかし、それからおよそ63万年後、大西洋の水はついにジブラルタルの陸の障壁を破り、地中海へと再び流れ込みました。水位は1日に最大10メートル上昇したとも見積もられており、すでにそこに定着していた動植物にとっては壊滅的な出来事だったはずです。とはいえ、当時そこに現代人（ホモ・サピエンス）は存在しませんでした。私たちの種が出現するのは、この出来事から500万年以上も後のことだからです。
人類が目撃したかもしれない「黒海の大洪水」
ところが、もう一つの似たような大洪水があり、こちらはホモ・サピエンスが実際に目撃していた可能性があります。それが黒海の洪水です。黒海の成り立ちについては数多くの仮説が提唱されていますが、この説によれば、後の『ギルガメシュ叙事詩』や聖書に登場する「世界的大洪水」神話の起源となった出来事こそが、この黒海の洪水なのだといいます。
この理論では、ボスポラス海峡はかつてジブラルタル海峡と同じように閉ざされており、現在の海の北側や西側には広大な陸地が広がっていたとされます。何千年ものあいだ、黒海の淡水は地中海へと流れ続けてきました。ところが紀元前5600年頃、世界的な海面上昇によってボスポラス海峡が決壊した可能性があるというのです。
突如として、地中海の塩水がボスポラス海峡を滝のごとく流れ落ち始めました。その力はナイアガラの滝の400倍に達し、1日あたり42立方キロメートルもの水が注ぎ込んだとされます。水位は1時間に約10センチメートルずつ上昇し、1日に1キロメートル以上もの海岸線が水没していきました。そして数週間後には、15万平方キロメートルを超える土地が水の底へと沈んでいたのです。
当時、この水没地域には新石器時代の集落が点在していました。水位の上昇に不意を突かれた集落の人々は、日ごとに家族や家畜、家財を抱えて内陸へと逃れようとしたことでしょう。
1999年、研究者ロバート・バラード率いる調査隊は、黒海の海底で人間の手による建造物の跡や居住の証拠、さらには淡水産の貝類を発見しました。これは、かつてこの海域に淡水湖が存在し、その後に海水が侵入してきたことを示す有力な手がかりとされています。
この大災害を生き延びた人々とその子孫たちは、世代から世代へと口承でこの出来事を語り継ぎ、やがてそれが世界的大洪水の神話として結実したのだと考えられています。
未来にも繰り返されるサイクル
科学者たちによれば、遠い将来――あと約500万年後――にはジブラルタル海峡が再び閉じ、地中海はふたたび干上がり、わずかな超塩水性の湖を残すのみになると予測されています。黒海も同じ運命をたどり、このプロセスは再び繰り返されるというのです。
一方で、こうした大洪水は実際には一度も起こらなかったと主張する研究者もいます。彼らの見解では、黒海の水は過去も現在も一貫して地中海へと流れ続けてきたのだといいます。