第二次中間期は、エジプト史において最も記録が乏しい「暗黒の時代」と呼ばれます。この時期の出来事を伝える記念碑や文書がほとんど残っておらず、権力が単一のファラオのもとに統一されていない時代でした。この時代最大の特徴は、エジプトに現れた異民族「ヒクソス」の存在であり、彼らの王たちは第15王朝および第16王朝を形成しました。
第12王朝の時代から、周辺地域からはリビア人やアジア系の人々といった遊牧民の波が絶えず押し寄せていました。第二次中間期には通常、第13王朝から第17王朝までが含まれ、これらの王朝は時期的に重なり合うこともあります。研究上の便宜のため、一般的に「ヒクソス以前」「ヒクソス期」「ヒクソス以後」の三つの時期に分けて考察されます。
ヒクソス以前のエジプト
エジプト領内に入り込んだこれらの民族は「ヒクソス」と呼ばれます。第13王朝と第14王朝はアビドスおよびサッカラの王名表には記載されていませんが、第13王朝の後に第17王朝が続いたと考えられています。第15王朝（おそらくヒクソスによる）は第17王朝と並行して存在し、第14王朝はデルタ地方の王朝で第13王朝の一部と並行し、第16王朝もまた第17王朝と並行していたとされます。これらの情報はトリノ王名パピルスやカルナック王名表に基づいています。
第二次中間期の諸王朝
第13王朝（テーベ）
首都は従来どおりイッチタウィに置かれました。第12王朝の後継である第13王朝の実効支配範囲は、エジプト全土とヌビアの大部分に及んでいました。
この王朝は明らかにソベクホテプ1世（セケムラー・フターウィ、またはウガフ）から始まり、その後は名前の不明な、時に極めて短命なファラオたちが続き、その数はトリノ王名パピルスの復元によっても異なります。これらのファラオたちはテーベ出身であり、先代のファラオの名（アメンエムハト、センウセルト、アンテフなど。ただし最も多いのはソベクホテプ）を名乗ることで、即位の正統性を主張しようとしました。
ファラオ個人の不安定さとは対照的に、この王朝では宰相（ヴェジール）の地位が安定しており、長期間政務を担う者が多くいました。その名前として知られているのは、ケメス、レスネブ、イエル、イビアです。また、この時期にデルタ地方に多くのアジア系の人々が存在していたこと、軍隊の重要性が高まっていたことも記録に残っています。ソベクホテプ4世の即位後まもなく、いわゆる「ヒクソスの侵入」が起こりました。
第14王朝（クオイス）
第13王朝についてすら知られていることが少ないのに比べれば、第14王朝についてはさらに僅かなことしか分かっていません。この王朝は「クオイス朝」（デルタ地方のクオイスに由来）と呼ばれ、第13王朝と並行して存在しました。おそらくデルタ地方で65年間統治し、74人以上の王を数えますが、そのほとんどは何も知られていません。ただし、彼らの名前もトリノ王名パピルスに現れています。
第13・14王朝時代のエジプト
100年以上にわたり王位継承が異常に頻繁に行き交い、在位2年にも満たない治世が続いたこの時代は、ファラオの王権のあり方に新たな状況をもたらしたはずです。ファラオは終身在位と宣言されていたものの、廃位されたり排除されたり、あるいは状況が不利に働いて、野心家たちが後釜を狙う事態が常態化していたのでしょう。
行政面では、第12王朝の時代に「ハーティ（h3tiy）」という長官称号が再び現れ、当初はノモス（州）の名前に冠せられ、後に都市の名前に適用されるようになりました。
中王国時代、国土は北部、南部、「南の首府」の3地区に分割されており、これはテーベのパピルス文書からよく知られています。
ヌビア（ケルマ）との関係は、墓地遺跡の発掘調査から判断する限り継続していました。シリア、パレスチナ、ビブロスとの関係についても同様ですが、第13王朝半ば以降、これらの交流は著しく衰退しました。その原因は現在のところ不明です。
第15王朝（アヴァリス）
ヒクソスの王たちは伝統的に二つの王朝に分類されます。「大ヒクソス」と呼ばれる第15王朝と、「小ヒクソス」と呼ばれる第16王朝です。
メンフィスの大司祭の一覧（各司祭の任期中の王名を記録）には、三人のヒクソス王の名前が挙げられています。そこから抽出できる王の一連の名前は、サリティス、ブノン、アパクナン、ヤナス（またはスタン）、アルクレス（またはアセト）、そしてアポピスです。このうち記念碑で裏付けが取れているのは最後のアポピスのみです。
このファラオ（フェニキア系とされる王朝の出身）は、自身の存在を示す多数の証拠を残しています。そのおそらく長い治世の年代は、同時代の人物であるカモセの石碑から知ることができます。彼はカモセおよびセケネンラー・ターと戦ったのです。もう一人、豊富な証拠を持つファラオがヒャン（ヤナス）で、その記念碑はバグダッドやボアズキョイ（ハットゥシャ）でも、エジプトやパレスチナでも発見されています。トリノ王名パピルスでは、ハムディが第15王朝最後の王として記されています。
第16王朝（中部エジプト）
この王朝は49年間統治した9人の王から構成されます。彼らは上エジプト、あるいは国の南部全体を支配することはできませんでした。弱小の王たちだったのです。その間、南方のテーベの王権は強まり、テーベの王子アフモセは、先代のカモセ（テーベ第17王朝最後の王）が開始した戦いを経て、ヒクソスを完全に駆逐することに成功しました。
第17王朝（テーベ）
北方がヒクソスの支配下にあった間、テーベでは王号を称する首長たちが現れました。彼らの多くは、西岸のドラ・アブ・エル・ナガと呼ばれる村にある墓から知られています。通常は一つの王朝とみなされていますが、実際には第16王朝のヒクソスと同種の王たちにすぎません。
最初に知られるのはアンテフ5世で、間違いなくこの一連の王の中で最も重要な人物の一人です。コプト勅令が知られており、当時他の君主たち（ヒクソスと第16王朝）も君臨していたことが示されています。その後、アンテフ7世、ター（ター2世）、カモセへと続く一連の王たちが続きます。
ター2世（セケネンラー・ター）は多くの資料から知られています。その一つはラムセス時代の架空物語的な作品で、「アポフィスとセケネンラーの争い」は二人の王の対決を一種の謎かけの形式で描いています。デイル・エル・バハリの王ミイラ隠匿所で発見された彼の頭蓋骨には、致命傷を受けた痕跡が残っていました。
カモセとヒクソスとの戦い
カモセは第17王朝最後のテーベの王です。カルナックの石碑やカーナーヴォン・タブレット第1号に言及されており、そこではヒクソスに対する戦争の開始と、この民族の王アポピスとの戦いが語られています。
彼は二人の先代と後継者と同じ一族に属します。つまり、私たちが第18王朝と呼ぶものは、実際には第17王朝の最後の王たちから始まるのです。ター1世には王家出身ではない女性テティシェリーという王妃がおり、この結婚からアホテプが生まれました。アホテプはター2世の姉妹にして妻となり、この夫婦がおそらくカモセ、アフモセ、そしてアフモセの妻アフモセ・ネフェルタリの両親でした。こうして真の王朝が形成され、彼らとともに王室における近親婚の慣習が一般化していきました。これはあらゆる解釈によれば、宗教的な意味を持っていたとされます。
第17王朝のテーベ王国の構造についてはほとんど分かっていません。カモセの石碑によれば、王国はエレファンティネからクサエまで広がっていたことが分かります。北の国境は時期によって変動し、王国の行政は中王国時代のそれを引き継いだものであったはずです。そして、当時特有の王位をめぐる争いもなかったとは言えないでしょう。
この期間、ヌビアは少なくとも末期まではエジプトの支配から外れていました。初期のエジプト守備隊の撤退により、クシュは南方から来た人々に占領されましたが、興味深いことに、エジプト文化はヌビアで影響力を保ち続けました。
ヒクソス時代のエジプトの行政
この時代の行政は、カフーン・パピルス、ブラーク・パピルス、そして石碑群などの文書を通じて知られています。北部（下エジプト）と南部（上エジプト）に二重の行政機構が存在したことが分かっています。後者は第17王朝のテーベの王子たちの管轄下にありましたが、彼らが実際に独立を確立したのは最後の三代の君主の時になってからでした。その領土はおそらく、エレファンティネからアビドスまでの上エジプト最初の8つのノモスの範囲を超えず、その他のノモスは第13王朝のファラオの後継者たちによって統治されていました。同じ頃、下ヌビアには独立したクシュ王国が形成されました。
第17王朝期の知的活動は非常に活発で、『プタハヘテプの箴言』（アンテフ5世の石棺から発見されたプリッセ・パピルスに収録）のような著作は、新王国時代に広く普及することになります。
ヒクソス以後のエジプト
ヒクソス追放後、エジプトの再統一が達成され、ここに新王国時代が始まります。しかし、すべてが以前のままだったわけではありません。
この時期、デルタ地方ではヒクソス王権の崩壊後もアジア系の影響が続きました。一方、南方ではヌビア系の要素の浸透が進み、彼らは新王国の王たちの傭兵として働き、やがて彼らに取って代わることになります。この時代は、いわゆる新王国に直接つながっていくのです。