征服が始まった当初から、先住民の福音宣教と植民地教育には複雑な問題がつきまとっていました。その核心にあったのは、先住民の「性質」をどう定義するかという二重の難問です。一方では、先住民はカスティーリャ王冠の臣民であるため奴隷化してはならない、しかし臣民でないならば商品として扱いうる、という議論がありました。他方で、征服者と先住民との関係そのものをどう位置づけるべきかという問題も存在していたのです。
当初の議論は、インディオが「奴隷化しうる野蛮人や異教徒」なのか、それとも「福音を宣べ伝えるべき異教徒」なのかという点に集中しました。カリブ海の島々に金が思ったほど産出しないことを悟ったコロンブスは、ポルトガルがアフリカで大きな利益を上げていた手法――奴隷売買――の導入を試みます。得られる利益を考慮した王室は提督の要請を受け入れましたが、カトリック両王に近い神学者たちはこれに反対しました。彼らは「インディオは異教徒である以上、まず信仰へ導くべきであり、明確に拒否した場合にのみ不信者とみなせる」と主張したのです。こうして女王は、先住民は自由な存在であり、隷属に服さないことを宣言しました。
スペイン教会が主導した福音宣教
福音宣教とは、スペイン教会が主導し、アメリカ先住民のキリスト教への大量改宗を可能にしたプロセスでした。ただし、インディオの反応も、物質的・精神的な動機づけも地域によって一様ではなく、宣教の速度や性格は各地域の実情に合わせて調整される必要がありました。諸研究によれば、先住民のキリスト教化はメキシコとペルーで比較的早く進み、周縁部では遅かったとされています。
マルコ・パラシオスとフランク・サフォードが指摘するように、コロンビアの大西洋岸に赴いた聖職者たちは長く留まりませんでした。この地域の先住民共同体はきわめて貧しく、教義師(ドクトリネーロ)の安定した生活を支えられなかったからです。彼らはより多くの先住民人口を抱えるペルーやその他の地域へと移っていきました。
宗教教団の中心的役割
征服と植民地化の初期段階において、先住民への教化(ドクトリナ)の中心を担ったのは宗教教団でした。在俗聖職者に比べ、先住民と関わることにはるかに積極的だったためです。短期間のうちにアメリカ大陸における修道士の存在は定着し、16世紀末までに5,000人から5,500人の修道士が渡航しました。内訳はメルセデス会300名、フランシスコ会2,200名、ドミニコ会1,670名、アウグスチノ会470名、イエズス会350名です。
修道士の過剰な集中は、各教団が独自の教化方法と忠誠対象を持っていたこともあり、教団間の摩擦を生みました。そのため、「霊的征服」を地域ごとに整理する必要が生じます。1563年以降、一つの管区内に新設される修道院はすべて同一教団に属すると定められました。とはいえ、既存の有力教団が主要都市に壮大で威容を誇る修道院付き教区を保持することまでは妨げられませんでした。
植民地教育
王冠の植民地教育政策は、インディオとメスティーソのための学校創設を推進する一方、スペイン人子弟の教育にはほとんど関心を払いませんでした。クスコのサン・ベルナルド校のような施設はむしろ例外的な存在でした。状況が大きく異なるのが高等教育であり、大学への入学はスペイン人以外には認められなかったのです。
先住民向けの教育は、修道会の学校を中心として展開されました。最初の学校は1513年、サント・ドミンゴでフランシスコ会が自らの修道院の隣に開設したものです。16世紀半ばには、フランシスコ会がメキシコに約200校、ドミニコ会がペルーに約60校を擁するまでになっていました。
先住民・メスティーソのための学校
カシケ(首長)の子弟の教育に特化した施設もありました。1536年創設のトラテロルコのサンタ・クルス校は最大1,000人の学生を抱え、プエブラ、ボゴタ、キトなど各地の学校の模範となりました。1547年に創設されたサン・フアン・デ・レトラン学院はメスティーソのための機関でした。さらに、メキシコでフランシスコ会が開設したような工芸・技術教育の機関も数多く見られ、バスコ・デ・キロガが整備した村・病院では学校兼工房が運営されていました。
高等教育と大学の創設
高等教育の一部は宗教教団、とりわけイエズス会とドミニコ会が担いました。1551年にメキシコとリマに設立された「マヨール(官立)大学」は、特定のカレッジや修道院に付属する「メノール(教団立)大学」とは区別されるものでした。これらの大学の創設には、教皇による認可と国王による認可という二重の許可が必要でした。
最初の大学は1538年にサント・ドミンゴで創設され、16世紀を通じてリマ(サン・マルコス王立大学)、ラ・プラタ、ラ・パス、キトなどにも大学が誕生しました。17世紀に入ると、グアテマラにサン・カルロス王立教皇大学が創設され、キトとボゴタ(ハベリアナ大学を含む)にも2校が設けられたほか、クスコ、チュキサカ、コルドバなどにも大学が相次いで建てられていきました。