スペイン本国をモデルとした聖務省(異端審問所)のアメリカ大陸における活動は、宗主国スペインに比べて限定的なものでした。その理由としては、ムーア人・ユダヤ人・異端者のインディアス渡航が禁止されていたこと、審問所裁判所の設立が遅れたこと、さらに二つの副王領における同機関の存在感が相対的に小さかったことが挙げられます。
1568年、インディアスに異端審問所裁判所を創設することが決定されました。当初はリマ(1570年)とメキシコ(1571年)にのみ設置されましたが、機関そのものは16世紀初頭からアメリカ大陸に存在していました。1610年には第三の裁判所がカルタヘナ・デ・インディアスに設けられ、この都市の発展にも寄与しました。
聖職者への監視と司教への審問権限の付与
先住民女性との関係などをめぐって、正統な教義から大きく外れた行動をとる司祭や修道士が見受けられたため、内部統制の仕組みが整備されることになりました。聖職者の監視は異端審問所の管轄とされ、聖職者の綱紀緩慢に対しては、パトロナート(国王保護権)を根拠に植民地高官からの告発も行われました。こうした経緯を受け、1517年以降、アメリカのすべての司教に審問官としての権限が与えられることとなりました。さらに1519年には、一部のアメリカ領土に異端審問所の委員(コミッサリオ)が任命されています。
アメリカにおける聖なる異端審問所の活動実態
アメリカ異端審問所はその特殊な性格ゆえに、活動の規模はイベリア半島内のそれを大きく下回りました。判決の件数においても内容においても、スペインで科された刑罰とは比較にならないほど穏当でした。たとえばリマでは、聖務省が存在した約2世紀半の間に下された死刑判決は、わずか30件にとどまっています。
先住民問題は原則として異端審問所の直接の管轄外であり、通常は別の観点から扱われていました。ただし、先住民を扱うことが理論上禁じられていたにもかかわらず、審問所裁判所が先住民に関する一部の事案に目を向けることもありました。異端審問所の使命は、ヨーロッパ人の間でカトリック信仰が汚されることを防ぐことにあり、そのためにユダイザンテ(ユダヤ教に傾倒した改宗者)、プロテスタント、魔術の疑いのある者たちと戦う必要がありました。
一方、ブラジルでは独自の審問所裁判所が機能することはなく、ごく限られた状況においてのみ、リスボンへ裁判所の派遣が要請されたにとどまりました。