復興政策:リンカーンの計画は復興へのより穏健なアプローチに焦点を当てていたが、ジョンソンの計画は旧南部連合の州に対してより寛大なものであった。ジョンソンは、厳しい罰則や大きな社会変化を伴うことなく、南部諸州を迅速に連邦に復帰させることを信じていた。
恩赦と再建:リンカーンの計画には、北軍に忠誠を誓ったほとんどの南軍人に恩赦を与えることを含む、段階的な再建プロセスが含まれていた。しかしジョンソンの計画では、特定の南軍高官と重大な犯罪を犯した者を除く全員に即時無条件の恩赦が与えられた。この政策により、多くの元南軍指導者が南部での政治的権力を迅速に取り戻すことができた。
投票権：リンカーンの計画は、南部の解放奴隷（元奴隷）の投票権の問題には触れていなかった。ジョンソンも当初はアフリカ系アメリカ人に選挙権を与えることに抵抗したが、最終的にはアフリカ系アメリカ人に市民権と平等の権利を与えるものの、選挙権は明示的に与えなかった1866年の公民権法の可決を支持した。
土地の分配:リンカーンは、経済的エンパワーメントの手段として解放奴隷に土地を再分配するという提案を支持していた。しかし、ジョンソンはそのような政策に反対し、一般に没収された土地を元南軍地主を含む元所有者に返還することに賛成した。
ジョンソンの再建計画は、旧南部連合に対して寛大すぎ、人種平等の問題に適切に取り組んでいないと考えた議会の急進共和党からの大きな反対に直面した。これにより大統領と議会との対立が生じ、最終的には1868年にジョンソンは弾劾されたが、ジョンソンは無罪となった。