パキスタン建国後、ジンナーは隠遁してイライラするようになった。彼は国家の最大かつ最小の権威を掌握していた。彼の軍長官バーニー大佐は日記に次のように書いています -' ジンナーの状態は奇跡によって月を見つけた子供のようになっており、今では一瞬たりともそこから離れる準備ができていませんでした。 .
…… そのため、インドから逃亡してパキスタンに来た従業員の給料は削減されました。ジンナは、 このような誇り高き男にとって恥ずべき屈辱に耐えなければならなかったのです。
…… パキスタン建国後、ジンナー政府は英国海外航空公社から飛行機をチャーターし、難民の輸送に使用した。政府は企業への支払いのために小切手を発行したが、不渡りとなった。口座にそれほど大きな金額が入っていなかったからです。
1947年、新しい首相と内閣の宣誓から1週間後、パキスタンの人々がラマダン明け最初のイード・アル・フィトルの祝日を祝っていたとき、ジンナーは選挙で選ばれた北西辺境州の政府を住民投票によって打倒した。州首相のカーン博士が実質的な多数派を占めていたが、ジンナーは同州に党政府を樹立させた。
ジンナーによって設立された政府が州議会で信任投票を得ることができなかったとき、ジンナーは罷免された議員全員を逮捕し、人為的多数派が誕生した。 , 9か月後、ジンナーは自身の党であるシンド州政府を打倒した。この後、ジンナーは宮殿でパンジャブ州政府を転覆させようとしました。
インドを中傷しようとするジンナーによる試み ムハンマド・アリ・ジンナーはかつてヒンズー教とイスラム教の統一の使者とみなされ、パキスタンの達成に人生の最大限のエネルギーを捧げた。彼はパキスタンが建国された唯一の人物だったが、パキスタンが建国されたとき、ジンナーはインドがパキスタンと友好関係を持っていないとして非難した。パキスタン建国から7か月後、彼はポール・エリング駐パキスタン米国大使に、自分（ジンナー）の願いはインドとパキスタンの間でも米国とカナダの間と同じ協力関係を築くことであると語った。
ポール・エリングはワシントンに送った外交電報の中で、ジンナーがパキスタンとインドとの軍事レベルの防衛協力関係について話し合ったと書いた。それは、米国とカナダの間のパートナーシップに似たパートナーシップであり、隣国間にはほとんど無防備な国境があり、軍事力の共有、自由貿易、複数のルートを通じて互いの領土に入る自由があっただろう。