1. 初期調査 :個人が異端または教会に対するその他の犯罪で告発された場合、地元の教会当局によって行われる最初の調査を受けることになります。これには、正式な裁判に十分な根拠があるかどうかを判断するための情報、証言、証拠の収集が含まれる場合があります。
2. 逮捕と投獄 :捜査の結果、異端を示唆する証拠が見つかった場合、容疑者は逮捕され、投獄される可能性があります。異端審問刑務所の環境は過酷になる可能性があり、裁判前に長期間拘留される可能性がある。
3. 尋問 :告発された個人は、自白または有罪の自白を得るために尋問を受けました。こうした取り調べには心理的な圧力が伴うことが多く、虚偽の自白につながる可能性もあった。場合によっては拷問も行われたが、その頻度や重症度は時間や場所によって変化した。
4. 裁判と判決 :正式な裁判は、教会関係者や場合によっては法律専門家を含む異端審問法廷によって行われました。被告人には弁護し、証人を出廷させ、証拠に異議を唱える機会が与えられた。しかし、手続きは現代の司法制度ほど公平ではなく、推定無罪が常に適用されるわけではありませんでした。
5. 罰 :犯罪の重大さと個人の協力または悔い改めのレベルに応じて、異端審問はさまざまな刑罰を課す可能性があります。その範囲は、軽微な刑罰や公の撤回から、投獄、調理室勤務（船上での強制労働）、あるいは極端な場合には死刑のようなより深刻な結果にまで及びました。
6. 公的な信仰行為 (Autos-da-fé) :一部の地域では、アウトス・ダ・フェと呼ばれる公の儀式が開催され、有罪判決を受けた異端者が判決を受け、処罰されました。これらの行事には行列、説教、文章の朗読などが含まれることが多く、異端審問所の権威を公に示す役割を果たしました。
異端審問の厳しさと方法は時間の経過とともに変化し、すべての告発者が同じレベルの過酷な扱いにさらされたわけではないことに注意することが重要です。異端審問の実践は、当時の一般的な宗教的、社会的、政治的状況の影響を受けました。今日、異端審問の方法と実践は、基本的人権と自由の侵害であると広くみなされています。