近年、ポンペイ考古公園の修復プロジェクト「グランデ・プロジェット・ポンペイ」により、長年不明だった空白が次々と埋められつつある。同プロジェクトでは、発掘済み区域の近くに高さ約3メートルに達する火山堆積層が存在することによるリスクを防ぐため、第5地区（通称「クーネオ／楔」）の一部を露出させている。また、2000年以降、世界各国の研究チームによる一連の層位調査が実施され、古風時代にさかのぼる建造物や、現在観光客が訪れる建物の下に埋もれていたサンニウム時代（紀元前3〜2世紀）の住居群が特定されている。以下、グランデ・プロジェット・ポンペイの成果によって明らかとなった主な知見を概観する。
古風時代の都市（紀元前7世紀〜紀元前5世紀初頭）
最も重要な発見は、都市の主要インフラ、公共区域、聖域、大規模居住区に関わるものだ。ヘルクラネウム門とウェスウィウス門の間の区域、およびノチェラ門付近では、城壁に沿った調査が行われ、紀元前6世紀から紀元前1世紀までの最大7段階の構築フェーズが確認された。第1フェーズ（すでに20世紀初頭の発掘で知られていた）では、ローマ時代の都市全域を囲んでいた城壁が、地元産の凝灰岩（いわゆる「パッパモンテ」）の数段積みで構成され、木製の柵（パリセード）で補強された土台の役割を果たしていたと考えられる。現在のメルクリウス塔の下では、直線的で幅広い道路（現在のメルクリウス通り）を通じて都市に入る門が特定されたが、このアクセスは城壁の再建時に閉鎖された。再建では石灰岩ブロックと内部の土充填という、隣国のマグナ・グライキア植都市クマイなどで見られる要塞建築技術を模倣した手法が用いられている。これら2つのフェーズの年代は、それぞれ紀元前6世紀と紀元前5世紀初頭に確定されている。
北部地区、第6地区（サラリア）では、ローマ時代に舗装されていなかった道路の調査により、最古の構造物が紀元前6世紀にさかのぼり、城壁の第1フェーズと同時期であることが判明した。
バシリカ、フォルムの市政建築群、アポロ神殿などの公共・聖域建築の修復に伴う調査により、フォルム広場が本来、隣接するアポロ聖域への供物製作用の店舗や、ポンペイの名産であった魚介類・食肉の塩漬け（ガルム）のための施設に囲まれていたことが明らかになった。塩は海岸の塩田（古典文献に見える「ヘルクラネウム塩田」）から供給されていた。
城壁外部、イオッツィーノ聖域の奥深くでは、サンニウム時代にケレース信仰が行われていた場所で、武器と供奠用のブッケロ陶器からなる大規模な供物区域が発見された（詳細は『考古学と歴史』第21号「エトルリア人」参照）。これらの器物に刻まれた落書きは紀元前6世紀のもので、献納者の名（ほぼ全てエトルリア系）や、聖域の守護神を一般的に「父」（エトルリア語でスリ）と称する記述が見られる。
層位調査が行われた居住区では、パッパモンテ積みの基壇跡が数多く見つかっており、これらは概ね古風時代の生活面と関連している。これらのブロックが、道路に沿って配置され、土留めの下部構造として機能したのか、あるいは土木造建築の本格的な基礎として機能したのかは定かでない。しかし、城壁内の台地全域にこの構造が行き渡っていることは、古風時代にはすでに都市全域が広く居住されていたことを示唆する。住居は自由空間（果樹園、庭園、エトルリア式円柱の家付近で確認された小聖域のような共用の聖域など）を挟んで建てられていた。そこから浮かび上がるのは、隣国の豊かな強力な都市——エトルリアのカプアやギリシャのクマイ——と同様に、神殿（フォルム横のアポロ神殿、三角フォルム地区のミネルヴァ神殿）、城壁、道路、店舗、住居を整備できる経済力を備えた、都市としてすでに成熟した集落の姿である。
「暗黒の時代」
出土品の欠如自体も貴重な情報をもたらす。一連の調査から、古風時代の居住拡大の後、ポンペイが著しい衰退を経験したことが読み取れる。紀元前5世紀から紀元前4世紀前半にかけて、新たな建設は行われず、神殿への供物も絶え、修復もされず、人口も減少したようだ。この困難な時代はポンペイだけでなく、古代イタリア全土の居住パターンの変化——カンパニア地方におけるギリシャ・エトルリア勢力の終焉、主要都市がアペニン山脈からの遊牧系部族（後のカンパニア人・サンニウム人）によって征服されたこと——と重なる。古代文献によれば、サンニウム人が数世紀にわたりポンペイを支配したとされる。
サンニウム時代の都市
紀元前5世紀から紀元前2世紀にかけて、今日私たちが知る都市の姿が形作られた。ポンペイの「黄金時代」は紀元前2世紀にあたり、主要な宗教・公共建築（アポロ神殿の再建、ユピテル神殿の建設、三角フォルムの聖域、マケッルム、バシリカ）が建設・修復された。しかしこの急速な発展——ローマの東方支配拡大に同盟都市として参加したという外部要因と関連する——の前に、緩やかな成長期があった。紀元前4世紀末から紀元前3世紀末にかけて建てられ、後の改修で意図的に破壊・埋め立てられた住居群が発見されている。そのうちいくつかは、紀元前3世紀のサンニウム貴族の邸宅であった。アトリウムを持つ豪華なドムスの様式で建てられ、既存のモデルに基づいて設計され、噴火の瞬間までほぼ原形をとどめていた。その一つ（第5地区の「艦隊の家」）の発掘により、建設が紀元前6世紀末、豪華な第1様式壁画装飾が紀元前2世紀初頭のもので、住居地区の改修時に破壊・断片化され、穴に捨てられていたことが判明した。
中流階級もまた、石造や版築造りの一定水準以上の住居に暮らしていた。極めて重要な例が「ケンタウロスの原型家屋」だ。非常にシンプルな間取りで、3つの居室が並び、完全に屋根で覆われた小さな中庭に面している。主室には紀元前2世紀に大型の凝灰岩製インプロウィウムが設置された際、中央に白色石灰岩のテッセラ、縁に煉瓦を用いたモザイク床が発見された。これはポンペイでこれまで見つかった最古のモザイク床であり、マグナ・グライキア、シチリア、ラツィオで見られる同類の床と酷似している。「ポンペイ再読」研究プロジェクトの過程で、相次いで破壊・埋め立てられた8軒の住居が完全発掘され、数十箇所の試掘により、紀元前3世紀のポンペイ住居の構造、建築技術、装飾に関する極めて重要なデータが得られている。
グランデ・プロジェット・ポンペイによる発掘と調査
ポンペイ考古公園の修復・固着工事に伴い、様々な公共・私有建築で発掘が実施され、一部では調査成果が公開されている。「5階建ての家」（VIII.2.14-16）の庭園では、台地の縁辺で城壁によって補強されていた地点付近に立地した2軒の住居跡が発見された。古い方からは紀元前2世紀の優雅なインプロウィウムが、後の帝政期にはより広いドムスのペリスティリウムに置き換わった様子が窺える。テスモ小路では、古代の堆積層に覆われていたインスラ（IX.3）の北部区画が発掘され、第3様式壁画で装飾された店舗と住居が出現した。その破壊は、当時まだ建設中だった大中央浴場に隣接するこの区画を別用途に転換する必要が生じたためと推測される。一方、スタビア門外では新たなネクロポリス区画が特定され、長大な銘文で功績が記された身分ある人物の霊廟が見つかった。所有者名は不明だが、複数の手がかりから、ポンペイで繰り返し高位公職を務めたグナエウス・ニギディウス・マユスと同定する説が有力視されている。
最近、報道で繰り返し取り上げられているのが「クーネオ」地区での発見だ。噴火で破壊された都市の一画が姿を現しつつある。庭園を持つ一軒のドムス——後に倉庫として転用された——の壁には、炭で書かれた落書き銘文が残っており、10月17日に油倉庫での積み込み作業が行われたことが記されている。この銘文と、数年前にトッレ・デル・グレーコ近くの海岸沿いの別荘（ヴィッラ・ソラ）の壁で見つかった、11月1日から始まる短期工事の予算メモというもう一つの落書きは、79年の噴火が通説の8月24日ではなく10月24日であった可能性を強く示唆している。両銘文とも直後に消去されることを前提とした走り書きであり、噴火の同年に書かれた可能性が高い。
一方、小規模な「ユピテルの家」は、紀元前2世紀にあたる第1様式の古い装飾が良好に保存されている点で注目される。壁画に加え、この家では特別な質の高さではないものの、極めて興味深い2つの具象モザイクも残されている。それらは、並外れた獲物（ワニやライオン）を捕らえ殺す執念深い狩人としての名声を誇った英雄オリオン、そして彼が蛇座、蠍座、おそらくは熊座などの星座に囲まれて星座化する様子を描いている。絵画やモザイクに類例が全く見当たらないことから、この図像のモデルは、紀元前3世紀にアラトス・オブ・ソロイ（パイノメナ）やエラトステネス（カタステリスモイ）が著したような、挿絵入りの天文学書に求められる可能性がある。