第一次ペルシア戦争とは
ダレイオス1世は、イオニア反乱の際にミレトスへ提供されたアテナイとエレトリアの支援——たとえ些細なものであったとしても——決して忘れなかった。そこで彼は、ギリシャ本土への懲罰遠征を準備する。その任務を託されたのは娘婿のマルドニオスであり、イオニア反乱の際にペルシア軍駐屯部隊が撤収していたマケドニアとトラキアの再占領が最初の目標とされた。
紀元前492年の遠征
紀元前492年春、マルドニオスは艦隊と陸軍をキリキアに集結させ、ヘレスポントス（ダーダネルス海峡）を渡ってトラキアとマケドニアへ進軍した。艦隊はタソス島へ航行して通過の際にこれを服属させ、さらにヨーロッパ側の海岸線に沿ってアカントスまで進んだ。
ところが、アトス山の岬を回航する際に激しい嵐に見舞われ、艦隊は半数の船を失った。さらにパイオン人部族によるペルシア野営地への奇襲攻撃でも多くの犠牲者が出た。両事件を合わせると3万人以上の死者が出たと史料は伝えている。当然ながら、古代の軍事記録にある兵員数や損害の数字にはしばしば疑問があるため注意が必要だが、マルドニオスが撤退を余儀なくされた事実は動かしがたい。とはいえ、この挫折によってダレイオスの意志がくじかれることはなく、彼は単に次の遠征へ向けてより綿密な準備が必要だと考えるようになっただけであった。
紀元前490年のペルシア遠征
紀元前491年全体は、この攻勢に向けた軍事的・外交的準備に費やされた。多くのギリシャ都市に使節が派遣され、服従を求めた。応じる都市もあったが、アテナイとスパルタは拒否し、ヘロドトスによればペルシアの使節を処刑したという。しかし両都市とも、来たるべき攻勢を未然に防ぐ具体的な対策は講じなかった。
ペルシア軍は、ダレイオスの甥アルタプレネス（陸軍）とダティス（艦隊）が指揮を執り、今回はエーゲ海を直接横断してエウボイア島とアッティカへ向かった。その途上でナクソス島とデロス島の制圧も行っている（紀元前490年）。兵力は10万から20万とする説もあるが、現代の歴史家たちの推定では実際は2万5000から5万程度とされる。それでも当時としては十分に大規模であり、ペルシア艦隊はおそらく600隻の三段櫂船（トリエレース）を擁していた。
艦隊はエウボイア島南端に到達し、開城を拒んだカリストスを略奪、次いでアテナイの同盟国に見捨てられたエレトリアを破壊した。住民はスーサ近郊のアルデリッカへ強制移送され、ここに大王の復讐の第一段階が刻まれたのである。
マラトンの戦い
ペルシア軍は、アテナイの前僭主ヒッピアスの助言に従い、紀元前490年9月初め、アテナイから40キロメートル離れたマラトンの平原に面する約4キロメートルの砂浜に上陸した。アテナイ人は城壁の内側で敵を待つことを選ばず、ストラテゴス（将軍）ミルティアデスに率いられたアテナイおよびプラタイアの重装歩兵（ホプリテス）約1万名がペルシア軍に立ち向かった。
9月13日、ペルシア軍はアテナイを陸海の双方から攻めることを決断する。騎兵を含む一部の部隊は再乗船し、パレロンに上陸して素早くアクロポリスへ達することを目指した。残る約2万1000名の部隊は、マラトンの平原を横切って沿岸の湿地へ消える小川カラドラを渡り、アテナイ部隊の市内への帰還路を遮断しようとしたのだ。
一方アテナイ軍は、プラタイアの同盟軍とともにペンテリコスとパルネスの二つの高地を占めて、スパルタから約束されていた援軍を待っていた。しかし援軍はなかなか到着しない。状況の変化を前に、アテナイ人の選択肢は消えた。まずマラトンの平原でペルシア軍を打ち破り、続いて敵の船団に先んじてアテナイへ戻り、都市を防衛しなければならない。
ミルティアデスは10人のアテナイ・ストラテゴスの一人であり、かつてスキタイ遠征でペルシア側と共闘した経験から、その弱点を熟知していた。ペルシア軍は出自の異なる兵士の寄せ集めで、同じ方言すら話せず、連携した戦闘にも不慣れであった。加えて、柳細工の盾と短い槍を中心とするペルシアの武器体系は、白兵戦に向かなかったのである。
対照的にギリシャ人の武装は本格的な重装歩兵のものであった。兜、盾、胸甲、脛当て、青銅の腕甲で身を固め、剣、長い槍、皮と金属の盾を備えている。さらにホプリテスは密集隊形（ファランクス）で戦い、盾が前方に壁を形成した。ミルティアデスはポレマルコス（総司令官格の将軍）カリマコスに対し、数的劣勢に圧倒されないよう戦列を延長し、中央を薄くして両翼を厚くするよう命じた。ペルシア軍の精鋭は中央に集中するため、これを包囲するのが狙いだったのである。
アテナイ軍は矢の射程に入った瞬間に突撃を開始した。ホプリテスの重装備を考えれば、同時代の歴史家たちが主張するような1500メートル超の走行突撃は非現実的である。予想どおり、帝国各地から徴集された寄せ集め部隊や士気の低いイオニア人からなるペルシア軍の両翼は崩壊し、恐慌のうちに船へ逃げ込んだ。ギリシャ軍の中央は逆に押し込まれて後退したものの、両翼の部隊は敗走兵の追撃を捨て、完璧な挟撃機動でペルシア軍の中央へ殺到した。中央もまた崩壊したのである。
結果、約6400名のペルシア兵が戦死し、その大半は逃走中に溺死し、7隻の船が破壊された。一方アテナイの損害は約200名にとどまった。この差は決して異例ではなく、東方の軍隊との戦いでは、ギリシャ側1名の戦死者に対して20〜30名という比率がしばしば記録されている。ペルシア損害の数字が誇張されていることは疑いないが、圧倒的な一方的勝利であったことには変わりない。
強行軍と第二次上陸の阻止
しかし戦いはまだ終わっていなかった。マラトンの戦闘前に再乗船していたペルシア軍最精鋭部隊による第二の攻撃を阻止しなければならなかった。ペルシア艦隊がスニオン岬を回ってパレロンへ到達するには約10時間を要する。戦闘を終えたばかりのギリシャ重装歩兵たちは7〜8時間の強行軍を敢行し、敵艦隊より約1時間早く現場に到着した。ペルシア軍は作戦の失敗を見て取り、上陸を断念した。こうして第一次ペルシア戦争は幕を閉じたのである。
この戦略的勝利はギリシャ人にとって象徴的な意味を持つようになり、アテナイに大きな威信をもたらした。実際のところ、ペルシア側から見ればこれは上陸作戦の失敗という軽微な挫折にすぎず、遠征自体はエーゲ海の島々——少なくともその大部分——をダレイオス1世の支配下に置くことに成功していた。
マラトン競技の起源をめぐって
一部の歴史家（ヘロドトスはこの説を否定している）によれば、フィディッピデス（またはフィリッピデス）がこの勝利の知らせを走って伝えたのがマラトン競技名称の由来だという。ただし、オリンピックのマラトンで採用された距離は、マラトンとアテナイ間の距離とは無関係である。それはウィンザー城とバッキンガム宮殿の間の距離であり、史上初のオリンピック・マラトンが実施された場所に由来する。とはいえ、フィリッピデスの逸話の真偽にかかわらず、ここでの真の偉業は、パレロンへのペルシア軍上陸を防ぐために強行軍を行ったアテナイ重装歩兵たちによる集団的な達成であったと言えるだろう。
ダレイオス1世の死とその後
この敗北に対するダレイオスの反応は、当初から復讐と新たな遠征の準備であった。これほど巨大な帝国の支配者が、一つの敗北にとらわれ続けるわけにはいかなかった。しかし直後にサトラップ（総督）アルヤンダスに率いられたエジプトの反乱が勃発し、ダレイオスの晩年はその対応に費やされた。彼は紀元前486年に死去し、息子のクセルクセス1世が後を継いだのである。