1946年3月29日、イギリスの内閣使節団（キャビネット・ミッション）がインドに滞在していた時期に、アリーガルで暴動が発生しました。これは、進行中の交渉に対して心理的な圧力をかけることを狙ったものだったとされます。インド政府内務省の極秘報告書によれば、暴動の発端は1946年3月29日、アリーガル大学のムスリム学生とヒンドゥー教徒の布商人との衝突でした。この暴動で17人が負傷し、うち1名が死亡。商店への放火により、50万〜100万ルピー相当の財産が焼失したと推定されています。
ムスリム連盟のデリー会議
内閣使節団がインド国内の各関係者と協議を重ねていたさなかの1946年4月初旬、ムスリム連盟の立法府メンバーはニューデリーで会議を開きました。この場で連盟の指導者たちは、使節団のメンバーに圧力をかけるべく、挑発的な演説を次々と繰り広げました。
ジンナーはあらゆる手段での抗議をほのめかし、こう述べています。「もしイスラーム教徒に対して何らかの暫定措置が押しつけられるならば、私自身、求められたいかなる危険や試練、犠牲をも引き受けることを誓う」
また大会では、全ムスリム議員が読み上げる誓約文が作成されました。その内容は「私は、自分が求められるいかなる犠牲、試練、危険をも引き受けることを自らに誓う」というものでした。
パンジャーブの指導者フィローズ・カーン・ヌーンは、「ムスリムが起こす破壊は、チンギス・ハーンやフラグの所業をも凌ぎ、当の本人たちも恥じ入るほどのものであろう」と語りました。さらに彼は、イギリス人やヒンドゥー教徒がパキスタンを与えないのであれば、ロシアがその役目を果たすことになるとも付け加えました。
ベンガル州首相スハラワルディーは、「ヒンドゥー教徒が名誉と平和のうちに生き続けたいのであれば、会議派はパキスタンの承認に応えるべきだ」と述べました。
北西辺境州の指導者カイヤム・カーンは、「ムスリムには剣を抜く以外に道は残されていない」と宣言しました。
ベンガル連盟書記長のアブドゥル・ハーシムは、「正義と公正が行き詰まる場所では、輝く鋼鉄が問題を決するのだ」と語りました。
同じくパンジャーブ出身のシャウカト・ハヤト・カーンは、「我が州の戦闘的な民は、好機を待ち構えている。ただ機会を与えてもらいたい。イギリス軍がまだ駐留しているうちに、我々がその手本を見せてみせる」と豪語しました。
ムスリム連盟の怒りの矛先は、主にイギリス労働党の政権下にある本国政府に向けられました。労働党政権は当初の段階で、連盟よりも会議派（インド国民会議）に多くの同情を示していたからです。
こうしたムスリム連盟の姿勢に対し、ジャワーハルラール・ネルーは強く反発し、「地上のどんな勢力も、国際連合ですら、ジンナーの望む形でパキスタンを現実のものにすることはできない」と断言しました。一方、ヴァッラブバーイー・パテールはムスリム側に対し、「パキスタンを手にできるのは、ヒンドゥー教徒とムスリムの内戦という代償を払う場合のみである」と告げました。
シムラでの三派会議
1946年5月5日、イギリス政府はシムラで三派による会議を招集しました。この席上、内閣使節団は次のような提案を行いました。すなわち、インドに中央政府を設立し、その管轄は外務・国防・通信の3分野に限定すること。州についてはグループ化（プロヴィンス・グルーピング）を行い、その他の事項は各グループと州が取り扱い、残余の権限は州に留保される、というものです。
この会議で会議派は強力な中央政府の創設を重視し、提案されたインド連邦について、内閣使節団が示した3つの管轄項目に加えて、通貨や関税など連邦にとって適切と判断される事項も扱えるようにすべきだと要求しました。加えて、連邦が必要に応じて歳入を徴収できること、憲法が機能不全に陥った場合や危機の際に必要な措置を講じられることも求めました。この方針には、1928年のネルー委員会報告の提言が色濃く反映されていました。
一方のムスリム連盟は、強力なムスリム多数派州のグループ化によってパキスタンの基盤となる組織を形成し、連邦政府の権限を最小限に抑えることを望んでいました。こうしてシムラ会議でも両者の対立は解消されず、会議派がムスリムのための別個の国家建設に反対する姿勢と、ムスリム連盟が分離国家の樹立を必要と考える姿勢は、最後まで相容れないままでした。結局、内閣使節団は自らの判断で提案を発表することを決めたのです。